一方面，如果在属于有追诉时效限制的情况下，超过追诉时效后，当事人又发现存在确可推翻原裁判的有效的诉讼证据，向法院申请再审，实践中，在符合再审立案条件的前提下，法院大多对此类案件予以受理。如此一来，对于追诉时效的规定就变得毫无意义。而且这种通过新证据的提出而引发的再审程序，从举证责任的角度看，对对方当事人是不平等的。因为新证据突然提出，往往使对方陷入诉讼中的不利地位，而由于时间长久，社会生活的变化很可能导致对方当事人的取证困难，同时，也可能会使某些当事人恶意隐瞒证据，以使对方当事人对证据的收集有所懈怠。法院受理这类案件与追诉时效的规定冲突，但如果以超过追诉时效为由，驳回再审申请，则又可能引发缠讼现象，也与有错必纠的再审原则相背离。因此，要解决这一矛盾，就有必要对当事人提起再审的诉讼时效加以规定。
另一方面，法院在超过追诉时效后，发现原裁判确有错误而主动提起再审的，也不利于司法的稳定，不利于人权的保护。刑事审判的目的是为了确定被告人的刑事责任，最终解决个人之间或个人与国家之间的利益冲突。如果程序不具有终结性，那么实际上就意味着此项冲突没有解决，这不仅使诉讼当事人因程序的反复启动，其生活和利益始终处于不安定的状态之中，而且也使国家裁判权丧失了应有的公权性和权威性。再审是重复追诉的一种表现形式，因此对再审案件的提起必须要有充分的理由。尤其是在刑事诉讼中，在被告人在押的情况下，无休止地对其进行追究或审判将会严重损害被告人的身心利益，这对被告人来说，是程序上最大的不公平。因此，对法院自行提起再审的期限作出严格的限制也是必要的。 [page]
此外，再审的提起针对的是已经发生法律效力的裁判，而刑事追诉是对未经审判的犯罪嫌疑人进行的，因此，前者已经对被告人的行为进行了法律定性，且在再审期间不停止原裁判的执行，而后者仅仅是有犯罪嫌疑。从法律上讲，犯罪嫌疑人并不能被认作一定是犯罪行为的实施者，因此再审的诉讼时效应短于追诉时效，且不能中止、中断和延长。对超过再审诉讼时效的案件，虽没有超过追诉时效，当事人、法院也都不能提起再审，但法律应赋与监督机关即检察机关提起再审的权力。（编辑：梁菁菁）
