所谓公诉案件，亦即刑事公诉案件，是指由各级检察机关依照法律相关规定，代表国家追究被告人的刑事责任而提起诉讼的案件。
(一)承办人证据意识薄弱，审查和运用证据能力不强。以质量为本，核心在于强化证据意识。在近年来的无罪案件(有些基层检察院将案件起诉到法院，在法院审查认为事实不清证据不足应认定被告人无罪时，检法两家协调后由检察机关撤回案件)中，因证据不足或有瑕疵的占相当比例，从中暴露出公诉人在审查证据时存在的三个问题：一是重被告人供述、轻其他证据，凭感觉和经验办案。有的案件起诉时虽有被告人供述，但供述与其它证据相矛盾，承办人没有注意补查相关证据以排除被告人供述与其他证据的矛盾，后由于律师介入等因素，在审判环节被告人翻供或证人翻证，使案件失去直接证据，导致检法两家认识不一致，难以定案。这是造成法院判决改变起诉书指控的犯罪事实或罪名最主要的原因。二是承办人对移送起诉的案件证据缺乏认真分析、鉴别，对构成犯罪的主要证据的客观性、合法性、关联性审核不细致。特别是凭间接证据定罪的案件，由于对间接证据运用规则的认识和掌握的尺度不同，容易被法院改变指控的事实和罪名。三是不注意言词证据的固定，导致证人翻证后难以定案。
(二)承办人责任心差。当前，一些基层检察院的公诉工作缺乏竞争机制与有效的激励机制，公诉人尽管长年累月承受了繁重的压力，付出了艰辛的劳动，但不一定能得到认可，造成不少公诉人缺乏进取心，缺乏钻研业务的热情和自觉性，在办案中只求过得去，不求过得硬，影响了公诉案件的质量。他们有的是对个案犯罪构成把握不准，不能正确区分罪与非罪、此罪与彼罪的界限;有的是不从犯罪构成要件认真分析;有的审查案件不深入细致，对一些数额、情节、年龄等涉及罪与非罪、边缘线的案件，只作形式上的审查，未深入细致地鉴别证据的真伪。
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(三)检法两家认识存在分歧。有的案件有一定证据证实，但尚未达到“确实、充分”的标准，本身有争议，加之公诉人和法官在刑事诉讼中所处的角度不同，对事实的认识和证据的采信不尽相同，最终导致法院判决改变起诉书指控的犯罪事实或罪名。此外，一些社会影响大、党委政府要追究行为人刑事责任但公检法认识不统一的案件(此类案件多数在定案依据上存在问题)，由当地政法委组织协调，起诉后一审判决有罪，但被告人上诉后二审改判无罪。这是无罪案件的一个重要原因。
(四)公诉队伍整体素质下降。公诉部门由于工作性质的关系，办案人员有更多出成绩的机会，容易使一些优秀的主诉检察官脱颖而出，他们很快就因提拔、晋升、调整、轮岗交流等多种原因，离开了公诉岗位，这种流动性造成了主诉检察官队伍素质的不稳定和素质下降。而且，在现有的制度下，主诉检察官的提拔晋升只有通过行政途径，这种形式虽有一定的激励作用，但因职位的有限性决定了这种激励机制的局限性，最终造成一部分担任主诉检察官时间较长的同志，如果不能提拔为部门领导，职级的晋升之门就关闭了，遏制了这些主诉检察官在公诉岗位上的积极进取精神，导致他们持续发展动力不足，懒于进一步提高综合素质。公诉队伍优秀人才的流失，以及一部分人安于现状、固步自封，既不利于精英公诉群体的形成，更造成整体素质的下降，直接影响了公诉案件的质量。
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