审查起诉工作是检察机关履行法律监督职责的重要表现，它主要是针对侦查机关移送起诉的案件全面系统的进行审查并提起公诉等开展的一项专门的法律监督工作。随着检察事业健康有序的发展，审查起诉工作面对日益复杂多样的案件现状，在贯彻执行刑事诉讼法的过程中，出现了许多问题，主要有以下三个方面。
1、公诉改革方面
随着检察改革的深入开展，为了有效地贯彻法律监督职责，做好公诉工作，在审查起诉工作中也进行了一系列的探索和创新，但也不乏出现几点新问题：
(1)主诉检察官办案责任制目前有待完善。经过近五年来的主诉检察官办案责任制的试点，以及检察机关一贯贯彻执行“行政管理”模式，存在着大多数主诉检察官有责、无权、利不明，办案仍然实行着“三级审批”的“双轨制”运行模式。另外，与主诉检察官办案责任制配套的激励机制、监督机制、绩效考评机制、经费保障机制等方面处于摸索、试点阶段。因此，主诉检察官办案责任制难以进一步开展及深化。
(2)“侦诉一体化”工作机制缺乏配套的规章制度。目前个别检察机关为了加大反腐败力度，整合检察资源，为实现办案质量与效果的有机统一，有效地将反贪、渎检、公诉等部门的办案力量有机地整合起来，推行“侦诉一体化”工作机制。这一机制的试行，虽然自侦案件的办案期限缩短、办案质量提高，退补次数减少。但是，在实际工作中，主要负责人为了提高案件质量，达到“立得准、诉的出”，往往指示公诉人员直接参于讯问犯罪嫌疑人，甚至记笔录，这样会倒致“本末倒置”，自侦人员成为“配角”，公诉人员成为“主角”，造成侦查、审查起诉由公诉人员一人承包，也会造成公诉人员对案件有“先入为主”的错觉，这一现状违背了刑事诉讼法规定的“侦诉分离原则”。此外，如果把握不准“诉的参与量”，也会造成自侦人员办案不认真，存在“案件办的怎样与己无关，反正有公诉人员在把关、在办案”的思想。案件如果查不下去或者作不起诉、撤案处理，自侦人员会认为公诉人员水平不高，能力不强，还有可能造成单位内部矛盾，自侦部门抵触公诉部门的现状。这一系列的问题如果处理不好，会大大折扣“侦诉一体化”工作机制的生命力，会加重公诉部门的负担，影响其它公诉业务的正常开展。
(3)庭前证据展示模式缺乏具体操作性。依据高检院要求，个别基层公诉部门已经将“完善向律师展示证据和听取其意见的工作制度”列入工作计划内，这虽然提高了诉讼效率，节约了司法资源，但也存在一些不可忽视的问题：a、因庭前将有关重要证据展示给辩护律师，有些律师可能会泄露案情及重要证据，致使串供、翻供现象的发生;b、庭前控辩双方就案件情况交换了意见，个别公诉人就疏于庭前准备，不制作庭审预案及公诉意见书，在庭审中草率地发表公诉意见，简略地进行答辩，这不利于公诉能力的提高;c、庭前控辩双方协商取证，个别办案人员经不住诱惑，可能存在违法违纪现象的发生。
2、法律规定方面
刑事诉讼法对审查起诉工作虽然作了一系列具体规定，但是在司法实践中还仍然存在规定不明确，缺乏具体操作欠妥之处：
(1)审查起诉工作的自行侦查问题。刑事诉讼法第140条第2款规定：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以自行侦查”，刑事诉讼规则第269 条规定：“人民检察院在审查起诉中决定自行侦查的，应当在审查期限内侦查完毕”。自行侦查是由审查起诉案件的办案人员进行侦查，还是由别的人员进行侦查，规定不明确，而在实际工作中，自行侦查往往由公诉部门承办案件人员自行侦查，这样侦查调取的证据由谁来审查，由谁来监督制约。在讲究办案效率、“重自侦、轻刑事”的现实中，公诉部门因办案经费紧张、条件差，他们往往不会自行侦查，使这一规定无法正确有效地实施。
(2)追诉漏罪、漏犯措施不力。对公安机关移送起诉案件中的漏罪、漏犯追诉不力，很容易发生以罚代刑、放纵罪犯、司法腐败等违法违纪现象，有的侦查机关以另案处理、在逃等书证逃避掩盖公诉部门的监督，虽然刑事诉讼规则第246条规定：“对于犯罪嫌疑人在逃的，应当要求公安机关在采取必要的措施保证犯罪嫌疑人到案后审查起诉”，但是这种“必要措施”很难具体操作，怎样的措施属于已经采取了必要措施。刑事诉讼规则还明确规定“……发现遗漏依法应当移送审查起诉同案犯罪嫌疑人的，应当建议公安机关补充移送审查起诉。”这里对追诉只是建议，缺乏强有力的监督措施，侦查机关可以听取对其漏犯的监督，也可以不听取，检察机关也对其无可奈何，这不利于追诉工作的有效开展。
(3)告知难。刑事诉讼法第2款及第40条第2款规定，人民检察院自收到起诉案件之日起三日内，应当告知被告人和被害人及其法定代理人或近亲属有权委托辩护人和委托诉讼代理人。由于检察机受到办案经费制约加上流动人口多，一些案件涉及人员多，流动性大，无稳定居住地点，使告知困难。
3、公、检配合方面
刑事诉讼法第7条规定：人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律。公安机关与检察机关互相配合时不免出现一些新问题：
(1)提前审查案卷存在许多新问题。当前，公安机关为了提高办案效率，办案质量，将补充侦查次数作为一项重要的考核项目，为此，办案单位经常要求公诉部门提前审查案卷材料，这样会出现一些新问题：a、不利于检察机关对公安机关办案情况的监督，往往形成以配合代替了监督;b、容易使公诉人员形成以“先入为主”的思维方式审查案件，丧失了审查监督的重要环节。c、长期如此配合办案，存在着侦查人员办案有依赖于检察机关的公诉人员的态势，侦查取证的能力有弱化的趋势。d、由于侦查办案人员提前将案卷材料交公诉人员审查，有时不履行案卷交接手续，公诉人员认为此案没有正式收案，案件还在侦查阶段，但侦查人员认为案卷已由公诉人员审查，案件已进入审查起诉阶段，存在案件被搁置起来，犯罪嫌疑人被超期羁押的现象。e、容易造成检察公诉部门工作量加大的现象。
(2)补充侦查缺乏具体操作性。刑事诉讼法虽然对补充侦查的事项作了明确规定，但在现实办案中存在：a、退而不查。比如，某基层公诉人员在审查起诉吴某等四人妨碍执行公务案、杜某等三人聚众哄抢案时，发现该两案证据不足，后退补二次，但是侦查机关不予以补充侦查。b、补充侦查不到位。比如，某侦查机关在补充侦查王某故意伤害一案时，他们敷衍了事，“走过程”，使该案难以起诉。
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