男方与女方已分居多年女方现在想与男方离婚，如果协议离婚，他们的子女是否要替父亲还债。

具体情况具体分析，如果是女方想要离婚的，可以协议离婚或者起诉离婚。一般先协议离婚，协议不成的，可以起诉离婚，起诉离婚的流程为：
1、提交起诉状和相关证据：
（1）起草民事起诉状；
（2）准备诉讼所需要的证据；
（3）向有管辖权的法院递交起诉状、身份证、结婚证和部分证据。
2、法院决定是否受理该诉讼：
（1）立案：人民法院在收到离婚诉讼后，经审查，符合立案条件的，应当在7日内立案，并在立案后的5日内将诉讼状副本送达给被告；
（2）被告提交答辩状：被告在收到诉讼状副本的15日内应提出答辩状；
（3）庭审前准备：审判人员审阅诉讼材料，进行调查研究，收集证据；
（4）通知当事人：人民法院应当更换不符合起诉或应诉条件的当事人，通知符合条件的当事人参加诉讼；
（5）保全：根据当事人诉讼请求依法进行诉讼保全或先行给付。
3、法院对当事人进行调解：
人民法院受理离婚案后，首先应对当事人进行调解。调解产生两个结果:
（1）经调解和好
（2）经调解协议离婚
4、调解不成法庭审理：
（1）安排开庭时间
（2）通知到庭诉讼
（3）开庭审理
5、根据庭审情况判决：
离婚案件的一审程序结束。
如果当事人对判决不服，可向上一级法院提起上诉，进行二审诉讼程序。

子女随父方还是母方生活协议处理离婚家庭的子女随父方生活还是随母方生活，可以由双方在离婚的时候协商决定。如果双方是协议离婚，应在离婚协议书上写明关于子女随哪方生活。
　　在离婚之诉中，如果双方就子女抚养问题达成协议，一般法院会尊重其协议，但是双方协议由父方或母方抚养子女对子女正常生活有严重不利的除外。
双方协议轮流抚养子女的，应该尊重双方协议。
　　子女不足两周岁如果离婚家庭有不足两周岁的子女，那么考虑到子女较小，更加需要母亲的照顾，有的可能尚处于哺乳期，所以法律规定离婚后子女一般随母方生活。
　　但如果母方有特殊原因，实际上不能或不愿抚养子女的可以随父方生活。特殊原因主要是指：母方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病、母方有抚养条件不尽抚养义务等。
　　子女在两周岁以上离婚家庭的子女在两周岁以上，且双方同争子女抚养权的，法院应同等的考虑双方的情况，看子女随哪方生活更有利于其成长。
　　子女随父母中其中一方时间较长，对这一方较有感情，则孩子应随这一方生活；子女随祖父母或者外祖父母中一方生活时间较长，或与之感情较深，也可以作为决定子女随父方还是母方生活的理由。
法院在调节或判决的时候会考虑到这个因素，如果子女与祖父母关系较密切，那么一般判决随父方生活，相反，则随母方生活。当然这是在双方其他条件均等的情况下。
　　如果某一方患有久治不愈的传染性疾病，或者有吸毒、偷窃等不利于子女身心健康的情况，那么子女自然不适于与之一起生活。
　　另外还要考虑父母双方哪方更需要孩子。例如，其中一方已做绝育手术或已经丧失生育能力，那么在这方抚养孩子无不利因素时，应优先考虑这一方；再如，一方没有其他子女，而另一方有其他子女，则应优先考虑前者。
　　子女在十周岁以上在十周岁以上的未成年子女，属于限制民事行为能力人，有一定的辨别是非的能力，所以在离婚案件中，处理子女随谁生活的问题上，应考虑到子女的个人的意愿。
但是这并不是说十周岁以上未成年子女可以随意选择随谁生活，法院一般在父方母方同争抚养权，且双方都具有抚养子女的条件时，才考虑子女个人的意见。
　　对于成年子女随哪方生活的问题，法院则会更多的考虑子女的意见

1.夫妻双方要协议离婚的，必须双方共同亲自到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记手续。
2.内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。
中国公民同外国人在中国内地自愿离婚的，内地居民同香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨在中国内地自愿离婚的，男女双方应当共同到内地居民常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。

一、登记离婚是双方当事人的真实意思的表示;
二、子女与何方共同生活，未与子女共同生活的一方对子女养育应承担的费用、支付的方式及期限;
三、共同财产的分割(最好有明确清单);
四、共同债权、债务的享有和清偿责任;
五、不与子女共同生活一方的探望权实行的方式及另一方协助的义务;
六、其他需要在协议中明确的事项;
七、双方当事人的签名、时间。

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