她的户籍还在娘家，她离家出走已三年，多方寻找至今都下落不明，我该怎么办离婚手续

首先是法院起诉离婚。
其次是夫妻分居两年，但并不仅此一个条件。只要是夫妻感情确已破裂，就应判决离婚。
婚姻法规定，如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚的情形为：
（一）重婚或有配偶者与他人同居的；
（二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；
（四）因感情不和分居满二年的；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一般情况下应向被告住所地人民法院起诉。下列情况除外： 　　⑴夫妻一方离开住所地超过一年，另一方起诉离婚的案件，由原告住所地人民法院管辖。 　　夫妻双方离开住所地超过一年，一方起诉离婚的案件，由被告经常居住地人民法院管辖;没有经常居住地的，由原告起诉时居住地的人民法院管辖。 　　⑵非军人对军人提出的离婚诉讼，如果军人一方为非文职军人，由原告住所地人民法院管辖。 　　离婚诉讼双方当事人都是军人的，由被告住所地或者被告所在的团级以上单位驻地的人民法院管辖。 　　⑶如果被告具有下列情况之一的，由原告住所地人民法院管辖;原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖： 　　
(一)对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼; 　　
(二)对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼; 　　
(三)对被劳动教养的人提起的诉讼; 　　
(四)对被监禁的人提起的诉讼;
一、当事人自愿离婚，必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记管理机关申请离婚登记。当事人从取得离婚证起，解除夫妻关系。
二、当事人申请离婚登记时，应当向婚姻登记管理机关提供下列证件和证明：
1、双方户口证明；
2、双方居民身份证；
3、所在单位、村（居）民委员会出具的介绍信；
4、结婚证或者夫妻关系证明书；
5、当事人一寸免冠近照各二张；
6、离婚协议书。协议书应当写明双方当事人的离婚意思，表示子女抚养教育、夫妻一方生活困难的经济帮助、财产及债务等作出妥善安排的，协议内容应有利于保护妇女和未成年子女的合法权益。
三、婚姻登记机关对当事人离婚申请进行审查，对符合离婚条件的在一个月内发给离婚证，并注销结婚证，当事人取得离婚证，即解除夫妻关系。
四、离婚的当事人一方不按照离婚协议履行应尽义务的，另一方可以向人民法院提起民事诉讼。
五、收费标准：工本费20元。 协议离婚一般在原婚姻登记机关，诉讼离婚一般在被告所在地起诉。根据《婚姻登记条例》第十条 内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。 协议离婚的优点是省时、经济。一般来说，如果材料齐全，半个小时左右即可办完协议离婚手续 。但是，协议离婚的要求较为严格，协议离婚必须夫妻双方对离婚的意思、财产分割、子女抚养等问题达成一致。 诉讼离婚比较复杂，除了协议离婚所需材料外，还须准备诉状、证据等材料。就审限而言，适用简易程序审理的，审限3个月（一般简单案件1个月即可办结）；适用普通程序审理的，审限6个月。二审的，审限3个月。诉讼离婚的，如无离婚的法定情形，可能需要至少起诉两次（每次至少间隔半年）。

如果是协议离婚，双方协商后，凭双方的离婚协议书、结婚证、身份证到原婚姻登记机关或任一方户籍所在地的民政部门办理离婚手续，领取离婚证；如果是诉讼离婚，一方可以单方面在被告住所地法院起诉，或者在被告非户口所在地但常居住超过一年以上的所在地法院起诉,《婚姻法》第32条规定，如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。

如果对方愿意，可以协议离婚，起诉的话会比较麻烦。协议离婚只要双方协商好，签好协议再到民政局办离婚手续即可。
若对方不愿意离婚，可以到当地法院起诉。起诉离婚是指夫妻双方对离婚或财产分割或子女抚养等问题不能协商一致的，可由一方或双方进行法院起诉。
起诉离婚分为三个阶段，即起诉、审理、判决。起诉离婚需要提交结婚的证明材料，引起离婚原因的证明材料，夫妻关系现状的证明材料，子女状况，财产清单，曾经起诉离婚的材料等等。
你是家庭暴力起诉的话，在遭遇家庭暴力的当时或事后应尽快报警，留下证据，这样子法院判决时对你才比较有利。

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