根据《个人所得税法》第二条第二款的规定，个人独自企业按照“个体工商户生产、经营所得”项目征收个人所得税。
根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的规定，第四条：个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以下损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%－35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
税务机关对个人独资企业个人所得税的征收方法有两种，一种是查账征收适用于会计核算比较齐全的，另一种是核定征收。具体采用哪种征收方法由主管税务机关确定。实行核定应税所得率征收方式的，应纳所得税额的计算公式如下：应纳所得税额＝应纳税所得额×适用税率。
