企业股份合作制作改造流程如下：
一、企业进行股份合作制改造，应当拟定初步改制的方案。
二、企业实施股份合作制改造，应当取得职工代表大会的同意。对于集体企业的股份合作制改造，必须取得职工代表大会的同意，否则改制行为无效。
三、取得出资人和上级主管部门的同意。要取得出资人的同意，未经出资人和上级主管部门同意的，企业不得进行股份合作制改造。
四、企业股份合作制改造必须经过政府指定部门审批，未经指定部门审批的，不得进行改制。
五、企业清产核资按照国家有关的规定进行，同时应当有职工出资人和职工代表参加。
清产核资工作要求改制企业必须对企业的各类资产、负债进行全面清查，做到账、卡、物、现今等齐全、准确、一致。要按照“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，核实和界定产权。
六、产权界定和资产评估。
企业采取股份合作制改造形式进行改制的，必须按照《国有资产评估管理办法》和《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》的规定，实施产权界定和资产评估，以防止国有资产流失。
