南京经济适用房申请流程如下：
1、申请:申请人向户口所在地的区房管局申请办理经济适用住房申购登记手续，领取《经济适用住房申请审批表》。
2、登记:申请人提交相关材料报区房管局审核后，由区房管局上报市房管局复核。
3、公示:市房管局按照规定对申请人的申请材料进行复审和评分后，在相关网站上公示15天。
4、审批:市房管局根据经济适用住房建设进度和申请人的评分情况，按批次批准购房申请。
5、申购:申请人持批准的《经济适用住房申请审批表》和选房顺序号，向经济适用住房开发建设单位办理选房和购房手续。
每个地方申请经济适用房都是要符合相应的条件的，在南京申请经济适用房必须同时满足三个要件：1、具有南京市市区城市的常住户口已满5年；2、家庭人均月收入1000元以下；3、家庭人均住房建筑面积15平方米以下。
