商业秘密保护与竞业禁止的关系是,用人单位与劳动者可以同时在劳动合同中约定商业秘密保护与竞业禁止。但是保护期限一般不同,商业秘密保护一般止于劳动合同终止时,而竞业禁止期限可以在劳动合同终止后最长两年内再终止。