商标转让合同纠纷有以下几种解决方式：
1、如果纠纷属于企业内部自身问题所造成的，那么就属于民事法律纠纷的范畴，需要当事人自己通过司法诉讼的程序来维护自己的权益。
2、如果商标的转让申请，正处于商标局转让审查进程中，商标局会给当事人一个合理的时限来进行处理。
3、如果商标纠纷涉及到法律权限问题，当事人只能通过法院的申请证据保全措施的方式，来暂时冻结该商标转让后的权利实施，最后再通过诉讼书的程序来解决纠纷问题。
4、如果商标属于假冒、伪造等非法转让的问题，则需要当地的公安部门对其进行刑事鉴定，然后再走司法程序。
5、若属于商标局“不予受理”、“不予核准”等行政决定的行政纠纷，当事人可以通过国家工商总局或行政诉讼等途径进行解决。
