根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定处理，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并在辖区内地级市报刊上登报声明作废。然后填报《发票挂失损毁报告表》，持税控设备到国税主管机关或自行办理电子发票退回或作废手续。
税务机关对丢失增值税专用发票的纳税人，可以按发票管理办法未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款;情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款。
