非法经营罪的认定方式如下：
1、刑事违法性与其行政违法性是一致的、也就是说，非法经营者必然违反有关的工商法规、没有行政违法性就不存在刑事违法性。
2、在主观上要求行为人必须是出于故意，且以营利为目的，对于因不知其为非法而进行非法经营且不以营利为目的的，不认为构成，而只能给予行为人以行政处罚。
3、在犯罪情节上要求情节严重的才构成犯罪，而认定情节是否严重，应以非法经营额和所得额为起点，并且要结合行为人是否实施了非法经营行为，是否给国家造成重大损失或者引起其他严重后果，是否经行政处罚后仍不悔改等来判断。
