新农合的报销流程如下：
一、由门诊医生或住院部医生诊断，开具住院证；
二、持农合证到住院收费窗口缴费并做网络登记；
三、持住院证，缴款单到住院登记窗口登记，领取病历表及用品；
四、到对口专科进行住院检查、治疗；
五、出院时找自己的主管医师开具出院证、诊断证、住院者身份核对单；
六、持个人缴款单到出院结算窗口办出院手续；
七、持出院结算票据到所住科室护士站交出结算联，到打印处打出清单汇总表；
八、凭结算发票单，农合证、身份证和户口簿原件及复印件，诊断证、住院者身份核对单、住院费用汇总清单到农合直补窗口报销，领取补助款。
