摩托车驾照和汽车驾照合并之后，扣分就扣在这一张合并后的证上，既可以说是扣在摩托车驾照上又可以说是扣在汽车驾照上。总共还是12分，不管驾驶什么车违章，都还是从12分里面扣。
《道路交通安全法》第二十四条
公安机关交通管理部门对机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的行为，除依法给予行政处罚外，实行累积记分制度。公安机关交通管理部门对累积记分达到规定分值的机动车驾驶人，扣留机动车驾驶证，对其进行道路交通安全法律、法规教育，重新考试；考试合格的，发还其机动车驾驶证。 对遵守道路交通安全法律、法规，在一年内无累积记分的机动车驾驶人，可以延长机动车驾驶证的审验期。具体办法由国务院公安部门规定。
