被告公司主体不存在，原告应当另行起诉。
根据《民事诉讼法》第一百一十九条规定的起诉条件中，对被告的要求是“明确”，即起诉时，被告名字或名称及住址、联系方式应当正确。法律赋予了原告选择被告的权利，原告认定其选定的被告是与其有诉讼争议的主体，故原告对其选择不当或选择错误的主体为被告，应当承担败诉风险。即被告主体错误，所诉被告并不存在，诉讼标的存在问题，故应当驳回原告起诉。
原告应当另行起诉。案件判决时主体已不存在，当然会有有影响。到如果是经济纠纷，当事人即使没有了，但有财产被继承，就可以通过强制执行得到兑现。
