大致的报销流程：参保户将报销所需资料备齐后交村合作医疗联络员由村合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。 目前来讲2018安徽新农合异地报销依托全省医保网络和设备平台，在各设区市建立新型农村合作医疗信息操作平台，在设区市卫生行政部门成立异地就医费用结算中心，以县为单位统筹进行参合农民住院费用的结算，实现农民群众就医即时报销。在省里建立全省新型农村合作医疗数据备份中心和异地就诊数据交换中心。值得注意的是住院才能报销，门诊的不能报。 报销所需材料有： 1、住院病历； 2、费用清单； 3、住院发票； 4、疾病诊断书； 5、出院小结； 6、身份证、户口本； 7、合作医疗本(或证、卡)； 8、转院手续或证明(单位打工证明或急诊证明)。
《安徽关于统一全省新农合跨省就医转诊患者经国家平台联网结报补偿方案的通知》 统一全省新农合跨省就医转诊患者经国家平台联网结报补偿方案是实现经国家平台开展跨省即时结报的关键和前提。 国家卫计委明确要求，经国家新农合平台开展跨省即时结报的，执行就医地诊疗、材料和药品等医保目录，执行参合地的医保补偿政策。补偿类型仅限“普通住院”，不含“住院分娩”、“意外伤害住院”、“按病种付费”等其他补偿类型。根据分级诊疗原则，主要针对跨省转诊患者通过国家新农合平台实现联网即时结报。同时仅仅针对新农合进行联网结报，不包括贫困人口的大病保险、民政救助和政府兜底等其他医保的结报。
