个人所得税专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。
具体来讲：
（1）由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。首次享受时，需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》并报送给任职受雇单位，单位在每个月发放工资时，像“三险一金”一样，为您办理专项附加扣除。
（2）自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。一般来讲，有以下情形之一的，您可以选择在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除，税款多退少补；个人所得税专项附加扣除信息随纳税申报表一并报送：①不愿意通过单位办理扣除，未将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位的；②没有工资、薪金所得，但有劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得的；③有大病医疗支出项目的；④纳税年度内未享受或未足额享受专项附加扣除等情形。
《中华人民共和国个人所得税法》第十二条
纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。
纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。
