5000元新个税计算公式如下：
应缴个人所得税金额=应纳税所得额*应纳税所得额
综合所得减去以下费用为应纳税所得额：
1、5000元基本减除费用；
2、个人基本养老保险、个人医疗保险、失业保险、住房公积金等专项扣除项目；
3、个人购买商业健康险等依法确定的其他扣除项目；
4、子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出。
新个税法规定，历经此次修法，个税的部分税率级距进一步优化调整，扩大3%、10%、20%三档低税率的级距，缩小25%税率的级距，30%、35%、45%三档较高税率级距不变。
今后计算个税，在扣除基本减除费用标准和“三险一金”等专项扣除外，还增加了专项附加扣除项目。
新个税法规定：专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人大常委会备案。
