保险公司应当赔偿非医保用药部分，可以提起民事诉讼。
所谓非医保用药，是指没有被列入医保用药目录的药品，也就是医保不能报销药费的药品。在交通事故的案件中，最常见的非医保用药就是部分进口的医疗器械用品了。
以某当事人为例，发生交通事故导致胫骨平台骨折进入
上海市第六人民医院治疗，由于骨头粉碎性骨折医生建议植入的钢板钢钉就不拆了，于是选择了进口的钢钉钢板，这部分费用较为昂贵，通常一个进口螺丝钉就是五到六千，一块进口钢板费用是三四万，这部分就属于非医保用药。
在通过法院诉讼的时候，治疗费用是不区分医保用药和非医保用药的，保险公司主张扣除要对用药的合理性承担相应的举证责任。所以当碰到保险公司理赔扣除非医保用药部分时，可以拿起法律武器维护自己的合法权益。法律依据：《中华人民
共和国保险法》
第十七条 订立保险合同，采用保险人提供的格式条款的，保险人向投保人提供的投保单应当附格式条款，保险人应当向投保人说明合同的内容。
对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明；未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。
第二十一条 投保人、被保险人或者受益人知道保险事故发生后，应当及时通知保险人。故意或者因重大过失未及时通知，致使保险事故的性质、原因、损失程度等难以确定的，保险人对无法确定的部分，不承担赔偿或者给付保险金的责任，但保险人通过其他途径已经及时知道或者应当及时知道保险事故发生的除外。
第二十二条 保险事故发生后，按照保险合同请求保险人赔偿或者给付保险金时，投保人、被保险人或者受益人应当向保险人提供其所能提供的与确认保险事故的性质、原因、损失程度等有关的证明和资料。
保险人按照合同的约定，认为有关的证明和资料不完整的，应当及时一次性通知投保人、被保险人或者受益人补充提供。
