不影响。公司发放工资时，发现金还是直接打卡只是工资发放方式上的区别，不影响个人所得税的计算。即如果工资数额达到缴纳条件，公司应当依法予以扣缴。《个人所得税法》第八条个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。法律依据：《
中华人民共和国社会保险法》
第十二条 用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。
职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员参加基本养老保险的，应当按照国家规定缴纳基本养老保险费，分别记入基本养老保险统筹基金和个人账户。
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第三十五条 用人单位应当按照本单位职工工资总额，根据社会保险经办机构确定的费率缴纳工伤保险费。
第四十四条 职工应当参加失业保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳失业保险费。
第五十三条 职工应当参加生育保险，由用人单位按照国家规定缴纳生育保险费，职工不缴纳生育保险费。
