员工怀孕了处理方式如下：
1、按规定员工怀孕后，除非其犯有法定的过错，否则公司不能单方解除劳动合同；
2、如果公司违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任；
3、单位如果不想再与其继签合同，那么可以与女职工签订一份到哺乳期结束为限的劳动合同，或将到期合同顺延到哺乳期结束；
4、协商改善当事人的工作条件，因为有相关的法律规定，对不能胜任原劳动的，应当根据医务部门的证明，予以减轻劳动量或者安排其他劳动；
5、调整岗位。用人单位可以调整怀孕女职工的工作岗位，但必须是基于保护女职工的原则，即如果怀孕女职工不能胜任、不能适应原工作岗位，用人单位应当在减轻劳动量、改善相应的工作条件的基础上为其调整岗位，安排其他劳动。
即使用人单位调整了女职工的工作岗位，也不能降低女职工的工资性收入。法律依据：《
中华人民共和国妇女权益保障法》第二十七条
任何单位不得因
结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资，辞退女职工，单方解除劳动聘用合同或者服务协议。但是，女职工要求终止劳动聘用合同或者服务协议的除外。
各单位在执行国家退休制度时，不得以性别为由歧视妇女。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条
劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：
（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；
（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；
（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；
（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；
（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；
（六）法律、行政法规规定的其他情形。
