在网上申请个体营业执照时，登记机关选错了，那就撤回、取消营业执照申请，重新申请。
网上申请营业执照也有一定的期限，如果不想那么麻烦的话可以等限时过了自动取消的申请。如果所有资料已经填写完毕就等发照了，那只能办理注销了。
网上办理个体户营业执照流程：第一步，在商事登记机关门户网站的相关页面申请注册，填写申请人的身份信息然后验证身份；第二步，申请人网上申请，填写相关申请表，股东决议，任免文件等一些资料，然后签写电子签名；第三步，等待网站受理、审核和决定；第四步，领取电子营业执照或电子登记通知书；第五步，存储电子档案。这样就可以成功在网上成功申请个体户营业执照。
当地工商机关已经开通网上办理个体工商户系统的，可以在网上申请营业执照。没有开通网上个体工商户系统的，必须到当地工商所或行政服务中心办营业执照。
法律依据：《个体工商户条例》第八条 申请登记为个体工商户，应当向经营场所所在地登记机关申请注册登记。申请人应当提交登记申请书、身份证明和经营场所证明。
个体工商户登记事项包括经营者姓名和住所、组成形式、经营范围、经营场所。个体工商户使用名称的，名称作为登记事项。
第九条 登记机关对申请材料依法审查后，按照下列规定办理：
（一）申请材料齐全、符合法定形式的，当场予以登记；申请材料不齐全或者不符合法定形式要求的，当场告知申请人需要补正的全部内容；
（二）需要对申请材料的实质性内容进行核实的，依法进行核查，并自受理申请之日起15日内作出是否予以登记的决定；
（三）不符合个体工商户登记条件的，不予登记并书面告知申请人，说明理由，告知申请人有权依法申请行政复议、提起
行政诉讼。
予以注册登记的，登记机关应当自登记之日起10日内发给营业执照。
国家推行电子营业执照。电子营业执照与纸质营业执照具有同等法律效力。
第十一条 申请注册登记或者变更登记的登记事项属于依法须取得行政许可的，应当向登记机关提交许可证明。
