因国家减免农业税产生的纠纷，主要表现在农业税减免后，原合同所约定应由承包人负责交纳的税费是否仍需由其向发包方缴纳的问题上。此类的案件也比较多，国家减免农业税是一件有利于农民的政策，但新政策出台以后，引起不少农业承包合同纠纷。承包者认为国家减税政策的受惠者应是实际耕作者，但发包方认为政策的受惠者是土地的所有者。
对这类案件，承包者承包的土地所有权属集体所有，其通过与发包方签订承包合同只享有经营权及使用权，现国家对农民免除缴纳公、购粮，享受政策受惠者应是土地的所有者而不是依据承包关系而取得土地承包经营权的耕作者，并不能理解为承包者不再承担承包合同约定的应尽义务。
国家取消缴纳公、购粮后，如承包者不按合同约定缴款给发包者，承包者就只有权利而不承担义务，亦违背了公平、有偿的原则。国家减免农业税，目的是增加农民的收入，发包者是农民，承包者也农民，但发包者是土地的所有者，承包者来承包土地，承包者是市场上一个主体，此承包者农民在原来居住的地方享受了国家减免农业税，现在来外地承包土地耕作，而转变为市场主体上的农民，从公平合理的角度来看，不能再享受国家农业税，否则承包者受惠两次。
所以支持土地所有者，在调解时也是按此原则处理，具体处理方法是依原承包合同约定的公、购粮、上调款，折算现款或以实物交纳给土地的发包人。
