1、市场行为属性不同
一般来说，商品房是房地产开发商独立开发的一种产品，通过市场买卖关系来实现其价值，对购房群体没有太多限制，属完全的市场经营行为。而集资房则是通过单位、社会团体组织、住宅合作社等组织建设，主要是为了解决单位和社会团体组织既定范围的中低收入家庭的住宅问题。另外，它采用的是先集资后建房的形式，是一种非市场行为。
2、申办手续不同
通常情况下，房地产开发公司要开发经营普通商品房，就必须申请办理五证：国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、商品房预售许可证。一般商品房的土地是出让用地，取得的方式主要是以招投标、拍卖、挂牌以及市场转让的方式取得。而集资房的土地主要是通过政府划拨取得，并减免了部分相关税费，因此，集资房的建设在申办手续的过程中，各种手续的办理不同于一般商品房开发经营的办理过程。
3、土地使用权不同
购房者购买商品房，不仅可以获得房屋所有权，而且房屋所在土地的使用权也是归购房者所有。而集资房取得的是划拨土地使用权，因此在获得房屋产权年限内，土地使用权还是归国家所有。
