在健康保险合同中，除适用一般人寿保险的宽限期条款、复效条款、不可抗辩条款等条款之外，由于健康保险的危险具有变动性和不易预测性、赔付危险大，保险人对所承担的保险金给付责任还规定了一些特殊的条款，即健康保险所独有的条款。
一般特殊条款是指个人健康保险和团体健康保险共同采用的一些特别规定：
(1)年龄。不同年龄的人具有不同的健康状况，年龄过高或过低都存在较常人更高的健康方面的危险，因此年龄大小是保险人在决定是否承保时所要考虑的一个重要因素一般，健康保险的承保年龄多为3岁以上、60岁以下，个别情况下可以放宽到0~70岁。此外，人的性别也有很大关系。通常，女性的期望寿命要长于男性，健康状况也要好于男性，从而男性投保健康保险时的保险费率要较同龄女性高。
(2)体检条款。它允许保险人指定医生对提出索赔的被保险人进行体格检查，目的是使保险人对索赔的有效性做出鉴定。体检条款适用于残疾收入补偿保险。
(3)观察期条款。仅仅依据病历等有限资料很难判断被保险人在投保时是否已经患有某种疾病，为了防止已有疾病的人带病投保、保证保险人的利益，保单中要规定一个观察期(大多是半年)。在此期间，被保险人因疾病支出医疗费或收入损失，保险人不负责，只有观察期满之后，保单才正式生效。也就是说，观察期内发作的疾病都假定为投保之前就已患有，保险人根据最大诚信原则可以拒绝承担责任。如果在观察期内因免责事由造成保险标的灭失的(如被保险人因病死亡)，则保险合同终止，保险人在扣除手续费后退还保险费;如果保险标的没有灭失的，则由保险人根据被保险人的身体状况决定是否续保，也可以危险增加为由解除保险合同。
(4)等待期条款。所谓等待期(WaitingPeriod)，也称免赔期间，是指健康保险中由于疾病、生育及其导致的病、残、亡发生后到保险金给付之前的一段时间。健康保险的保险合同在“保险金的申请和给付”条款中一般都要加上“等待期”的约定，时间长短不一，短的只有3、5日，长的可达90日，比如疾病保险的保单中都明确规定，“被保险人自患病之日起，直到约定的等待期间届满以前，不能从保险人处获得任何给付”。一些意外伤害保险的保单中也有这种等待期间的约定，但一般等待的期限比疾病保险要短。等待期间的提出，既可为保险金申请人准备资料、申请保险金提供了充足而有效的时间。对保险人而言，“等待期”的约定，第一可以防止被保险人借轻微的疾病或小的医疗费支出坐享给付，同时防止道德危险发生引起严重的自伤行为。在等待期内一切经济上的负担要由被保险人自己承担，这就避免了被保险人以暂时性疾病或以其他不当手段制造保险事故假冒来骗取保险金，给保险人的经营带来不利的影响;第二则是保险人可以充分利用这段时间进行调查、核实、杜绝不良现象发生，以保证经营的需要。
此外，健康保险条款一般还会约定一旦发生投保人要求增加保险金额度的情况，要安排新的一段的观察期(比如90天)。在增加保额后的这一段观察期内，如果发生责任范围内的保险事故，保险公司不承担所增部分的保险金的给付义务，这显然是出于杜绝“逆选择”的需要。等待期满，如果保险人调查结果保险事故真实无误，则根据合同约定给付或补偿保额给受益人或被保险人本人。在被保险人全部领取保险给付后保险责任终止。如果被保险人意欲再次投保此种健康保险，必须经过指定医院检查确认治疗康愈后才允许办理再保手续。
(5)免赔额条款。在健康保险合同中，一般均对医疗费用采用免赔额的规定，即在一定金额下的费用支出由被保险人自理，保险人不予赔付。免赔额有两层含义：一是指规定一个固定额度(比如100元或200元)，当被保险人在保险事故中遭受的损失没有达到此限额时，保险人不履行保险责任，只有当损失额达到这一限额时才予以全额赔偿，这叫“相对免赔额”;二是指不管被保险人的实际损失多大，保险人都要在扣除免赔额之后才支付保险金，这叫“绝对免赔额”。在健康保险中多采用绝对免赔方式。免赔额条款，一方面可以促使被保险人加强自我保护、自我控制意识，减少因疏忽等原因导致的保险事故的发生和损失的扩大，避免不必要的费用支出，减少道德危险;一方面由被保险人承担可以承担的较低的医疗费用支出，可以减少保险人大量的理赔工作，从而减少成本，对保险人和被保险人都有利。
(6)比例给付条款，又称为共保比例条款。比例给付是保险人采用与被保险人按一定比例共同分摊被保险人的医疗费用的方式进行保险赔付的方式。此种情形下，相当于保险人与被保险人的共同保险。例如，共保比例为80%，意味着对被保险人的医疗费用，保险人负担80%，被保险人要自负20%;如果同一份健康保险合同既有共保条款又有免赔额条款，则是指保险人对超出免赔额以上部分的医疗费用支出，采用与被保险人按一定比例共同分摊的方法进行保险赔付。健康保险是以人的身体为标的，不存在是否足额投保的问题。但由于其承保的危险不易控制，因此，在大多数健康保险合同中，保险人对医疗保险金的支出有比例给付的规定。当然，通常是保险人承担其中的大部分费用。这样，既有利于被保险人对医疗费用的控制，也有利于保障被保险人的经济利益，达到保险保障的目的。
(7)给付限额条款。在补偿性质的健康保险合同中，保险人给付的医疗保险金有最高限额规定，如单项疾病给付限额、住院费用给付限额、手术费用给付限额、门诊费用给付限额等。健康保险的被保险人的个体差异很大，其医疗费用支出的高低差异也很大，因此为保障保险人和大多数被保险人的利益，规定医疗保险金的最高给付限额，可以控制总的支出水平。而对于具有定额保险性质的健康保险，如大病保险等，通常没有赔偿限额，而是依约定保险金额实行定额赔偿。
