若对方不能提供出足以推翻亲子关系存在的证据，并且又拒绝配合做亲子鉴定的，法院可以推定其亲子关系成立，确认双方之间的亲子关系。
法院无权强迫当事人进行亲子鉴定。法院要启动亲子鉴定程序，首先要有当事人一方的申请，其次要征得另一方的同意。在当事人没有申请的前提下，即使法官对案情有所怀疑，也不能主动启动鉴定程序。《关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》规定：“一方当事人要求作亲子鉴定的，或者子女已超过三周岁的，应视具体情况，从严掌握，对其中必须作亲子鉴定的，也要做好当事人及有关人员的思想工作。”在一方当事人申请鉴定，而另一方当事人拒绝鉴定的情况下，根据《关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》从严掌握的原则，法院仍然不能启动亲子鉴定程序。这是因为亲子鉴定需要提供父、母、子三方基因样本来鉴定，基因样本的提供涉及人身权问题，在目前法律没有明确规定的前提下，不能采取强制性的手段获取样本。
