行政赔偿程序是指受害人提起赔偿请求，赔偿义务机关履行赔偿义务的步骤、方法、顺序、形式等要求。根据行政诉讼法和国家赔偿法等法律规定，我国行政赔偿分为两种途径。
一、行政赔偿请求的提出
(一)单独提出行政赔偿请求及先行程序
单独提出行政赔偿请求是指受害人的请求仅限于赔偿，对于行使行政职权的行为是否合法并无具体要求。单独提出行政赔偿请求适用行政赔偿的先行程序。行政赔偿请求的先行程序是指赔偿请求人如果单独提出赔偿请求，应首先向赔偿义务机关提出，在赔偿义务机关不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议时，赔偿请求人才可以向赔偿义务机关的上一级行政机关申请复议或向人民法院提起诉讼。单独提出赔偿请求通常适用于：
(1)争议双方对行使职权行为的合法性没有争议，但对行政赔偿问题达不成协议。
(2)行使职权的行为已经被复议机关确认为违法或已经被撤销、变更，但复议机关并未对行政赔偿问题作出裁决，或受害人对复议机关的赔偿裁决不服的。
(3)行使职权的行为已被法院判决确认为违法，或已被法院判决撤销，判决生效后，受害人提出赔偿请求的。
(4)行使职权的行为为终局裁决机关所为，该行为的合法性已不得争议，受害人对于赔偿仍有异议的。
(5)受害人对行政机关及其工作人员的事实行为提出赔偿请求，而无意对该行为的合法性提出异议的。上述情况，都需要适用赔偿先行程序。
(二)一并提出赔偿请求
一并提出行政赔偿请求是指请求人在申请行政复议、提起行政诉讼中一并提出赔偿请求。其特点是：将确认行政行为违法与要求赔偿两项请求一并提出，并要求并案审理。复议机关或人民法院通常先确认行政行为的合法性，然后再决定是否赔偿。
(三)提出数项赔偿请求
不论是单独式或一并式，赔偿请求人都可以根据受到的不同伤害，同时提出数项赔偿请求。例如，行政机关违法行使职权，造成公民身体伤害的，可以请求赔偿医疗费;赔偿误工减少的收入;造成公民身体残疾并全部丧失劳动能力的，受害人还可以申请残疾赔偿金及对其抚养的人的生活费;等等。当然，如果损害是单一的，请求人只能就该项损害提出赔偿请求，不得就该损害造成的其他间接损失提出赔偿请求。
(四)书面请求
请求赔偿属于要式法律行为，受害人无论向赔偿义务机关提出赔偿请求，还是向法院提起赔偿诉讼，都应以书面形式进行。申请书应包括以下内容：
(1)受害人的姓名、性别、年龄、工作单位和住所，法人或其他组织的名称、住所，法定代表人或主要负责人的姓名、职务。
(2)具体的请求、事实根据和理由。缺少事实根据和理由的，赔偿义务机关可以责令申请人补正。
(3)赔偿义务机关。申请书必不可少的内容之一便是赔偿义务机关的名称，以明示该赔偿请求是针对哪个行政机关提出的，以便于行政赔偿案件的处理。
(4)申请的年、月、日。因为赔偿请求必须在法定期限内提起，所以在申请书中应当注明申请的年、月、日。
赔偿申请书是请求人向赔偿义务机关提出的主要书面材料，因此必须内容完整，符合法定形式，语言简明，字迹工整，便于赔偿义务机关审查处理。请求人书面申请确有困难的，可以委托他人代书，也可以口头申请，由赔偿义务机关记录。
(五)法定期限内提出
赔偿请求应当在法定期限内提出。我国《国家赔偿法》规定，请求人请求国家赔偿的时效为2年。自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算，但被羁押期间不计算在内。以附带的方式提起行政赔偿请求，一般按申请复议提起诉讼的法定期限确定附带请求赔偿的期限，即申请行政复议的期限为知道该具体行政行为之日起60日，但是法律规定的申请期限超过60日的除外;提起行政诉讼的期限为知道作出具体行政行为之日起3个月。
