仲裁机构对案件的管辖、审理与裁决均是基于双方当事人此前自愿达成的仲裁协议，当事人应当遵守彼此达成的仲裁协议，故在案件被提交仲裁之后，即不应当违反协议而将案件撤回。但是，这种观点显然是有失偏颇的。
首先，这种观点与有关现行法律规定相冲突。申请人经书面通知，无正当理由不到庭或者未经仲裁庭许可中途退庭的，可以视为撤回仲裁申请;当事人申请仲裁后，双方达成和解协议的，除了可以请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书以终结案件外，也可以选择申请人撤回仲裁申请的方式来终结案件。此外，根据《仲裁委员会仲裁收费办法》第6条第二款的规定，当事人在规定的期限内不预交案件受理费，又不提出缓交申请的，也视为撤回仲裁申请。显而易见，在上述几种情形下，法律是允许当事人撤回仲裁申请的，或者由仲裁庭将案件作视为撤回仲裁申请处理，且并不认为撤回仲裁申请与仲裁协议相矛盾。因此，以违反仲裁协议为理由而否定撤案申请权的正面设定是不能成立的，也是与现行法律规定相冲突的。
其次，撤回仲裁申请与违反仲裁协议是性质完全不同的两回事，不可相提并论。仲裁协议是双方当事人就民商事纠纷的主管问题所达成的一种约定，即当事人双方约定将彼此间所产生的民商事纠纷提交某一特定仲裁机构仲裁，而明确排除法院的司法审判。因此，违反仲裁协议一般是指当事人在纠纷发生后不按协议的约定提交仲裁却向法院提起诉讼。而撤回仲裁申请则是指当事人在遵守仲裁协议，即已提交仲裁的前提下不再要求仲裁机构继续对案件进行审理。其原因可能是因为双方当事人自行达成了和解协议，也可能是因为申请人认为自己申请仲裁本身考虑欠妥，还可能是因为被申请人主动履行了义务，等等。因此，不能将撤回仲裁申请与违反仲裁协议混为一谈。
