医疗事故鉴定结论只是人民法院审查认定案件事实的证据，是否作为确定医院承担民事赔偿责任的依据，应当经过法庭质证。《最高人民法院关于对医疗事故争议案件人民法院应否受理的复函》(1989年10月10日)指出：医疗事故技术鉴定委员会所作的医疗事故鉴定结论，系卫生行政部门认定和处理医疗事故的依据。这说明医疗事故鉴定结论是卫生行政部门认定和处理医疗事故的依据，而不是人民法院处理医疗民事损害赔偿纠纷的依据。
另外，最高人民法院在2003年1月6日作出的法[2003]20 号《关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知》亦指出：人民法院审理因医疗事故引起的医疗赔偿纠纷民事案件，在确定医疗事故赔偿责任时，应参照适用《医疗事故处理条例》。医疗事故鉴定仅涉及案件的事实问题而非法律问题，且医疗事故鉴定结论只是案件中的一种证据，因此，医疗事故鉴定结论必须经过查证属实才能作为认定事实的依据。再者，医疗事故鉴定结论并不具有排除其他证据的效力，如果证据之间存在矛盾，法院应在对各个证据具体分析的基础上作出判断。将医疗事故鉴定结论作为法院审理医疗损害赔偿纠纷案件的唯一证据，并且不加审查而直接采信的做法是不科学的。对于构成医疗事故的，根据《医疗事故处理条例》的规定，医院应承担赔偿责任;对于不属于医疗事故，但医院存在诊疗和护理错误，并且因这种错误给患者造成伤害、构成侵权的，根据《民法通则》的规定，医院也应承担赔偿责任，而不应认为不属于医疗事故便不构成侵权。
医疗事故鉴定结论具有特殊的客观真实性，也包含着失真的可能性。它既不是“证据之王”，也不是“科学的判决”。根据法律规定，鉴定结论只是证据形式的一种，认定案件事实是法官的职责，不是鉴定人的职责，所以采信与否应该由法官根据证据规则作出合理的判断。在案件审理过程中，应当严格证据审查制度，用完善的证据规则来排除鉴定结论失真的可能性，只有在查证属实后才能将鉴定结论作为定案依据。
