按照《的有关规定》，国家赔偿程序，总的原则是赔偿请求人应当首先向赔偿义务机关申请赔偿。由于我国实行侵权行为机关与赔偿义务机关一致的原则，也就是赔偿请求人应先向侵权机关申请赔偿。实行首先向赔偿义务机关申请赔偿原则，其目的在于简化程序，方便受害人，有利于及时得到赔偿。先向赔偿义务机关申请赔偿，通称协商程序或协议程序，即由赔偿义务机关与赔偿请求人先行就有关赔偿的范围、方式和金额等事项进行自愿协商，从而达成赔偿协议，解决赔偿争议。
但是，实行这一原则有一例外，即赔偿请求人提出时，由于行政复议和行政诉讼的存在，赔偿请求可能依附于行政复议和行政诉讼，赔偿请求人可以在申请行政复议和提起行政诉讼时一并提出，而不必先向赔偿义务机关申请赔偿。
受害人向赔偿义务机关申请赔偿，赔偿义务机关应在两个月内决定是否赔偿。赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，根据行政赔偿、刑事赔偿的不同情况，国家赔偿法规定了不同的程序。
属于行政赔偿的，可以向人民法院提起诉讼。属于刑事赔偿的，赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以直接向其上一级人民法院赔偿委员会申请赔偿;赔偿义务机关是人民法院以外的公安、安全、检察机关的，赔偿请求人需要先向赔偿义务机关的上一级机关申请复议，赔偿请求人不服复议决定或复议机关逾期不作决定的。再向复议机关所在地的同级人民法院的赔偿委员会申请赔偿。
在国家赔偿程序中，行政赔偿与刑事赔偿另一个重大区别是在审理机构方面，行政赔偿适用行政诉讼法的行政诉讼程序，由人民法院的行政审判庭审理; 刑事赔偿则是由人民法院特别设立的赔偿委员会审理。按照国家赔偿法规定：“中级以上的人民法院设立赔偿委员会，由人民法院三名至七名审判员组成。”
这是因为刑事赔偿涉及的国家机关较为复杂，其中，既有主持赔偿争议解决的人民法院，也有对法律实施进行监督的人民检察院。人民法院既是赔偿义务机关，又是主持解决赔偿争议，决定是否赔偿的机关。尽管主持解决赔偿争议的人民法院和履行赔偿义务的人民法院并非同一个人民法院，但他们毕竟同在人民法院系统，这似乎有悖于“任何人不得为自己案件的法官”这古老的公正法则。同时，人民检察院本是对法院审判活动实行监督的机关，而在刑事赔偿中。人民检察院则要作为当事人接受人民法院的审判。这些特殊情况决定了刑事赔偿不能作为一般的案件对待，由人民法院既设的任何一个审理机构处理。因而，国家赔偿法确定了刑事赔偿由人民法院特设的赔偿委员会来处理。
