增值税专用发票（以下简称专用发票）作废通常有两种方式，一是全部联次注明“作废”字样或加盖“作废”戳记作废；二是通过开具红字专用发票作废。前者比较简单，后者手续相对繁琐。
国家税务总局《关于修订增值税专用发票使用规定的通知》（国税发[2006]156号）对专用发票作废、开具红字专用发票作出了原则性规定，《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发[2007]18号）对开具红字增值税专用发票作出详细规定，增加了购买方取得已开具专用发票再要求作废的许多限制条件，给企业财务管理和会计核算带来一些不便。
那么，购买方如何把握政策，达到既能按实际情况作废专用发票，又不至于产生税收风险呢？ 国税发[2006]156号文件规定，增值税一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
作废条件的规定如下，销售方开具专用发票时发现有误，发票联、抵扣联尚未交付给购买方的，可当月即时作废。除此外，对开出的专用发票再作废需要同时具备三个条件：一是收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票的当月；二是销售方未抄税并且未记账；三是购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”或“专用发票代码、号码认证不符”。对这些条件，购买方需要格外关注。对当场取得专用发票的，认真审核，发现错误立即要求销货方重新开具专用发票；对事后取得专用发票的，对照上述作废条件，及时发现问题，及时进行处理。
作废后的处理
对于满足专用发票作废条件的，销售方取得发票联、抵扣联后，须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。这里要注意的是，专用发票作废需要在纸质和电子双重环境下操作，不能漏了任何一方。如果只进行了手工作废，而防伪税控系统没有进行作废处理，则不仅专用发票不能作废，而且还造成数据比对不符。
操作程序
通过开具红字专用发票作废的，按以下规程操作。即：增值税一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。这些操作环环紧扣，缺少一个环节或一项证明则不能开具红字专用发票，也就不能作废专用发票。
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