合伙协议是指全体合伙人经过协商一致、以书面形式订立的合伙企业的契约。公司章程则是公司发起股东制订的，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力的，调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。那么，两者如果起冲突怎么办？找法网小编为您作出如下解答。
一、合伙协议和公司章程的区别
在法律上，合伙协议是指股东之间就要发起设立的一个组织，包括股权架构和相关的权利架构、出资等，是很初始的权利义务的约定，主要是公司用的协议；通俗理解意义上，合伙协议就是合伙人之间的一种游戏规则、权利义务的规范和约束。
从法律上，公司章程是公司的宪法，公司、股东、高管等的所有行为规范都必须遵守这个最高的规则。公司法的公司章程是有法律强制性规定的，不一定要签署股东协议，但是必须要有公司章程。公司章程的约束力比较广，对公司本身，对股东、监事、董事都具有约束力。工商局有要求必须用他们的范本，而且是不能更改的，因为他们审查起来比较麻烦。建议在设立公司章程的时候可以按照他们的范本，交上去以后再做一个章程修订案。
合伙协议并不是一个必备的法律文件，要约定也可以，不要约定也不影响。不过我们建议公司还是要签股东协议，因为股东协议的内容和公司章程还是不一样的。
关于约束力，合伙协议属于协议，就是协商，可以讨价还价，合同具有相对性原则。合伙协议的约束力相对比较窄，有参与才有约束，所以这是股东之间的一种任意性的合同，但不能约束协议外当事人。公司章程的约束力比较广，是法律必备的文件，公司章程可以约束公司的行为。
合伙协议仅仅是合伙人之间的一种约束，但如果协议写得好，对合伙人之间而言，其重要性比公司章程还要重要。
二、如果两者之间起冲突了要怎么办？
先有合伙协议，再有公司章程。公司章程是有备案的，在工商局可以对外查询。而合伙协议是内部协议，不可对外披露。
ａ、如果合伙协议在前面，公司章程在后面，毋庸置疑，后面的肯定优先于前面的，因为有登记的协议的效力肯定优于没有登记的，有备案的优先使用。
ｂ、如果公司章程已经交上去了，后来又做了一个合伙协议，这种情况下按照生效时间前后来解决。
建议公司要先有一份合伙框架协议，公司设立时，提交公司章程，然后股东之间再签一份正式合伙协议，这样就把合伙协议生效的时间后推了。约定如有冲突，效力会优先于公司章程，这是技术的处理。
在公司成立之前，成立公司的股东之间通常会有口头或者书面的协议，对成立公司的事务作出约定。从法律的较多来说，书面协议要远胜于口头的协议，关键之处在于日后出现纠纷时的举证难度问题。
