在计划经济体制下，我国在农村实行合作医疗制度。从20世纪80年代开始，随着农村生产关系和经营方式的改变，合作医疗制度已经难以为继，面临缺医少药的困境，需要重建医疗保障体系。2002年10月，《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》(中发[2002]13号)提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度，到2010年在全国农村基本建立起这一制度。2003年1月，国务院办公厅转发《卫生部、财政部、农业部关于建立新型农村合作医疗制度意见》(国办发[2003]3号)，决定从2003年开始按照“财政支持、农民自愿、政府组织”的原则组织进行试点。目前，新型农村合作医疗制度已在全国全面实施，覆盖了8.3亿农民。主要政策：
一、覆盖范围。
所有农村居民都可以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗。此外，2009年3月，《国务院关于印发医药卫生体制改革近期重点实施方案(2009—2011年)的通知》(国发[2009]12号)进一步明确，积极推进城镇非公有制经济组织从业人员、灵活就业人员和农民工参加城镇职工医保，灵活就业人员自愿选择参加城镇职工医保或城镇居民医保，参加城镇职工医保有困难的农民工，可以自愿选择参加城镇居民医保或户籍所在地的新农合。
二、基金筹集。
新型农村合作医疗以政府资助为主，个人适当缴费。2003年，农民个人每年每人缴费不低于10元，政府对所有参保农民给予不低于年人均40元的补助，其中中央财政对中西部除市区以外参保农民每年每人补助20元，地方财政的资助额不低于20元。中央财政对东部省份也按中西部地区一定比例给予补助。2008年起，财政补助对参保农民的补助标准提高了一倍，即补助80元。2010年，全国新农合筹资水平提高到每人每年150元，其中各级财政对新型农村合作医疗的人均补助标准将提高到120元。
三、待遇支付。
新型农村合作医疗一般采取以县(市)为单位进行统筹，主要补助参保农民的大额医疗费用或住院医疗费用。有条件的地方，可实行大额医疗费用补助与小额医疗费用补助结合的办法。各县(市)确定支付范围、支付标准和额度。各县(市)确定支付范围、支付标准和额度。
为了提高农民医疗保障水平，根据中央医改文件精神，2009年7月，卫生部、民政部、财政部、农业部和中医药局联合发布《关于巩固和发展新型农村合作医疗制度的意见》(卫农卫发[2009]68号)提出，从2009年下半年开始，新农合补偿封顶线(最高支付限额)达到当地农民人均纯收入的6倍以上。同时，调整新农合补偿方案，适当扩大受益面和提高保障水平，使农民群众更多受益。开展住院统筹加门诊统筹的地区，要适当提高基层医疗机构的门诊补偿比例，门诊补偿比例和封顶线要与住院补偿起付线和补偿比例有效衔接。开展大病统筹加门诊家庭账户的地区，要提高家庭账户基金的使用率，有条件的地区要逐步转为住院统筹加门诊统筹模式。要扩大对慢性病等特殊病种大额门诊医药费用纳入统筹基金进行补偿的病种范围。要结合门诊补偿政策，合理调整住院补偿起付线，适当提高补偿比例和封顶线，扩大补偿范围。年底基金结余较多的地区，可以按照规定开展二次补偿或健康体检工作，使农民充分受益。
