海域使用权作为越来越重要的用益物权类型，《物权法》虽未专章规定，但《海域使用管理法》及相关行政法规则有详细的规则作为物权法中用益物权的一种，《规定》将其规定为用益物权纠纷项下的第三级案由，凡涉及海域使用权之民事纠纷，可以适用本案由。
在适用本案由时应当特别注意，由于海域使用权是行政许可的特许物权，在权利取得、转让、管理等方面具有很强的行政管理特点，要区别哪些涉及海域使用权的纠纷是用益物权纠纷，哪些纠纷本身不是民事纠纷。只有海域使用权民事纠纷才可以适用本案由。如果属于海域使用权审批方面的纠纷，则属于行政纠纷，当事人应当按照行政诉讼起诉，已作为民事案件起诉的，人民法院不予受理。具体而言，海域使用权纠纷主要是指海域使用权转让、继承、使用、收益、赠与、质押、海域侵权等纠纷案件。
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