为了从根源上规范刑事案件的指定管辖，南通中院积极主动与南通市检察院协调沟通并达成共识，指定基层检察院异地侦查的案件，除法律规定不便犯罪行为地审理的，尽量在侦查结束后退还原来案发地区审查起诉，使刑事诉讼法属地管辖权的规定落到实处。
近年来，江苏省南通市中级人民法院在处理刑事案件的指定管辖过程中，发现刑事诉讼过程中存在着诸如法律对指定管辖规定不够具体、系列案件由不同法院审理等现象。针对这些问题，南通中院根据控诉权启动审判权的现代司法原理，认为指定管辖的建议还是由检察机关提出为妥，由法院自行指定不利于检察机关的诉权行使以及其对法院的监督约束。
为了从根源上规范刑事案件的指定管辖，分管院长牵头、立案庭长具体负责，南通中院积极主动与南通市检察院协调沟通并达成共识：指定基层检察院异地侦查的案件，除法律规定不便犯罪行为地审理的，尽量在侦查结束后退还原来案发地区审查起诉，使刑事诉讼法属地管辖权的规定落到实处。确有特殊情况需要异地审理的，由市检察院与中级法院协商，并努力将这种异常的案件处理方式控制在起诉案件的10%以内。尽量做到系列案件不分审。牵连案件、被告人众多的案件，在指定管辖建议提出时尽量建议到同一家人民法院审理，以节约司法资源、确保量刑统一。充分发挥中院的协调沟通作用。协商函送交中院时，与中院加强沟通，陈清是否串案、以前相关联案件的审理情况、请求指定管辖的详细原因，避免一纸简单的纲要式建议。
经过双方的共同努力，刑事案件的指定管辖程序增强了操作性，更加科学、公正，更好地保障了当事人的合法权利。
