管辖权的转移和移送管辖虽然都是将行政案件由一个人民法院转给另一个人民法院，但二者有实质的区别：(1)管辖权的转移是有管辖权的人民法院将行政案件的管辖权转移给本无管辖权的法院，其转移的是行政案件的管辖权;而移送管辖则是无管辖权的人民法院把不属于自己管辖但已受理的行政案件移送给有管辖权的人民法院，其移送的不是管辖权也不可能是管辖权，而只是行政案件。
(2)管辖权的转移只能在上下级人民法院之间进行;移送管辖一般是在同级异地人民法院之间进行，也可以在上下级人民法院之间进行。
(3)管辖权转移应经上级人民法院决定或同意，否则不得转移。下级人民法院只能提出管辖权转移的建议;移送管辖则不需要经过其他人民法院的决定或同意。
