医疗机构作为一个专业机构，一般会建立内部报告制度，便于医疗机构负责人及时掌握情况，在发生医疗纠纷，尤其可能是医疗事故的纠纷时，启动处理预案。这样既有利于及时采取积极有效的治疗措施，防止对患者损害后果的扩大，减少给患者造成的损失；也有利于医疗纠纷的及时、妥善处理。
患者及其家属对医疗过程、结果有异议时，可以与临床医师及科室领导沟通，也可以向门诊部、医务处（科、部）等负责医疗服务质量监控的职能部门以及院领导投诉。临床科室或职能部门接到患方投诉后，根据患方投诉内容可进行相关简单处理，一旦出现医疗质量安全事件，必须上报。所谓医疗质量安全事件，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，由于诊疗过错、医药产品缺陷等原因，造成患者死亡、残疾、器官组织损伤导致功能障碍等明显人身损害的事件。
医疗质量安全事件实行逢疑必报的原则，医疗机构在日常管理中发现医疗质量安全事件的、患者以医疗损害为由直接向法院起诉的、患者申请医疗事故技术鉴定或者其他法定鉴定的、患者以医疗损害为由申请人民调解或其他第三方调解的、患者投诉医疗损害或其他提示存在医疗质量安全事件的情况，应当向核发《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门直报医疗质量安全事件或者疑似医疗质量安全事件。
并且积极采取措施，避免、减少医疗质量安全事件可能引起的不良后果，同时做好事件调查处理工作，认真查找事件的性质、原因，制定并落实有针对性的改进措施。有关卫生行政部门应当对医疗机构的医疗质量安全事件或者疑似医疗质量安全事件调查处理工作进行指导，必要时可组织专家开展事件的调查处理，并按照规定及时向上级卫生行政部门报告调查处理结果。对于涉及医疗事故争议的医疗质量安全事件，应当按照《医疗事故处理条例》和《侵权责任法》的相关规定处理。
如果发生医疗事故，医疗机构负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员在接到报告后，应立即向本医疗机构的负责人报告。同时，组织人员对医疗事故、医疗事故争议或医疗过失行为进行调查核实，得出初步结论。还要组织力量维护工作秩序，封存有关的病历资料及相关物品，为处理医疗事故争议、进行医疗事故技术鉴定做基本准备。医疗服务质量监控部门或者专（兼）职人员还要向患者做好耐心细致的解释说明工作，告知医疗纠纷（医疗事故）处理的程序。
医疗机构的负责人根据医疗服务质量监控部门或者专（兼）职人员的报告，提出初步处理意见，并向患者通报、解释，如通报对事件调查的情况、得出的初步结论和处理意见等，同时向患者解释事件发生的原因、已经采取的补救措施以及将会对患者造成的影响等。对有可能导致医患矛盾激化，危及医疗机构、医务人员和患者安全，扰乱医疗机构工作秩序的重大事件，医疗机构在做好解释疏导工作、妥善处理的同时，还要立即向其所在地的县级卫生行政部门报告。对于可能因医疗事故争议引发恶性事件的，还要及时向当地公安机关报告。
出于行政管理的需要，发生医疗纠纷后，医疗机构应向其所在地的县级卫生行政部门报告。这不但便于卫生行政部门及时掌握辖区内医疗纠纷发生的情况，还有利于卫生行政部门及时调查取证，及时对医疗纠纷作出处理。同时，卫生行政部门可以组织专门人员对纠纷发生原因进行深入分析，发现问题、解决问题，并提出改进措施，对辖区内其他医疗机构也有警示和借鉴作用。
医疗机构向卫生行政部门报告的内容包括报告单位、报告时间；事故发生的时间、地点、经过、后果（死亡、残废、器官损伤、功能障碍以及其他人身损害后果等）；医患双方当事人的情况；死亡患者是否尸检、尸检结果；初步处理意见等。
医疗机构可以在医疗事故发生后及时报告，也可以按年度报告。出现下列情形之一的重大医疗过失行为时，医疗机构要在过失行为发生后的12小时内向所在地的县级卫生行政部门报告：医疗过失行为导致患者死亡或可能为二级以上医疗事故的；医疗过失行为导致3名以上（含3名）患者人身损害后果的；卫生部或本省、自治区、直辖市卫生行政部门规定的其他情形。由于这些情况引发的医疗事故争议影响大，处理难度高，因此，医疗机构必须及时向卫生行政部门报告，便于卫生行政部门及时了解掌握情况，妥善处理医疗事故争议。
