(一)法律法规的适用
对于法律适用问题，最高人民法院(92)民他字第13号《关于李新荣诉天津市第二医学院附属医院医疗事故赔偿一案如何适用法律问题的复函》指出：“《办法》和《天津市医疗事故处理办法实施细则》是处理医疗事故赔偿案件的行政法规和规章，与《民法通则》中规定的侵害他人身体应当承担民事赔偿的基本精神是一致的。因此，应当依照《民法通则》、《办法》的有关规定和参照《天津市医疗事故处理办法实施细则》的有关规定，根据该案具体情况，妥善处理。”而今，上述《办法》已废止，《条例》已于2002年9月1日实施，其损害赔偿标准较之《办法》已有很大提高(某些项目甚至高于道路交通事故的损害赔偿标准)，与《民法通则》有关民事赔偿的精神更趋一致。因此，《条例》作为特别法，应在医疗纠纷赔偿案件中得到优先适用。
鉴于医疗纠纷是医疗服务合同纠纷的属性，在大多情形下，违约行为与侵权行为竞合。所以，在适用法律时，不仅要适用上述法律法规，还应适用《合同法》、《消费者权益保护法》、《产品质量法》等，使患者的合法权益得到切实保护。
(二)医疗纠纷的归责
归责原则，是指在侵权行为人的行为或物件致他人损害的事实发生以后，应依何种根据使其承担民事责任的法律原则。医疗纠纷的归责原则是指医疗行为致人损害后，应依何种根据承担民事责任。医患关系既然是服务合同关系，患者当然可依合同关系追究医疗机构违反合同义务应承担的违约责任。可适用无过错责任的归责原则，即只要违约即可。实践中，选择违约之诉的几乎是零。
医疗行为侵权是以医务人员的过失为条件形成的，医方的过错主要表现为过失。医疗行业是一种专业性很强的特殊作业，绝大多数患者及其亲属的认识水平不可能知道医疗行为是否有过失。病案及相关资料均由医方保管，如适用一般过错责任原则，留给受害者的，将是不公平的救济方式，必将导致患者举证困难。如适用无过错责任原则，对医方肯定是不公平的，将有碍医疗科学的发展。从最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第四条的规定来看，对医疗损害赔偿的归责原则应适用过错推定原则。医疗机构必须证明自己的行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在过错。否则，就可推定其承担损害赔偿之责。
(三)赔偿范围
已废止的《医疗事故处理办法》与《民法通则》相比，对赔偿标准规定的过低。过去都是在《民法通则》第119条的基础上，参照《道路交通事故处理办法》第37条的标准计算赔偿范围。2002年9月1日，《条例》实施后，医疗纠纷无赔偿标准的问题得以解决。《条例》第50条规定了医疗事故赔偿项目，该规定与《民法通则》第119条已大致接轨。在办理医疗纠纷案件时，可依照此规定确定赔偿标准。
值得一提的是精神损害赔偿，这已在审判实践中大量出现，且判决的数额较大。《条例》第50条(10)项规定了精神抚慰金的赔偿，计赔标准明确。最高人民法院《关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》第10条规定：“法律、行政法规对残疾赔偿金、死亡赔偿金等有明确规定的，适用法律、行政法规的规定。据此，精神损害抚慰金的赔偿标准应执行《条例》的规定。
