刑法上的追诉时效，是指司法机关依法追究犯罪人刑事责任的有效期限。在法定期限内，司法机关有权追究犯罪人的刑事责任，超过法定期限，除法定的特别情况外，不得再追究犯罪人的刑事责任。根据我国刑法第87条的规定，法定最高刑为不满5年有期徒刑的，经过5年不再追诉。医疗事故罪的法定最高刑为3年有期徒刑，故其追诉时效的期限应为5年。
刑法第89条第1款规定：“追诉期限从犯罪之日起计算。”理论上一般认为，这里的“犯罪之日”，是指犯罪成立之日，医疗事故罪属于结果犯，以实际结果的发生为犯罪成立的必要要件，所以其犯罪成立之日，应理解为犯罪结果发生之日，对于多数医疗事故案件而言，医疗过失行为实施之后，危害结果很快就会出现，如错用药物使患者过敏性休克死亡、手术切错部位等。但也有一些案件，医疗过失行为的实施同危害结果的发生并不是同步的，而中间有一个较长的间隔时间。例如，有的患者在接受放射治疗时，由于医务人员的疏忽，以至受超剂量的放射线照射，数年后死亡；还有的患者在医院感染上某种疾病、久治不愈，最终死亡。对这些案件，要特别注意追诉时效期限的确立，应从不良结果发生之日起算。
在有的医疗事故案件中，医疗过失行为开始即给患者健康造成很大的损害，但在相当长的时间内，这种损害是否存在，其原因是什么，是否因医疗过失而引起，患者不一定知晓，甚至医院也可能一时无法确诊。对此，不能以医院最终确诊的时间作为结果发生之日，以此计算追诉时效期限的起点，原因明确之日同结果发生之日毕竟不是一个概念，此时仍应以事后查明的危害结果实际发生之日起算。
例如朱克强医疗事故案。朱系湖北襄阳人，1973年，朱在某医院进行肠破裂缝合手术，出院后常有剧烈疼痛。1998年去医院检查，才知道右下腹有金属异物存留。原来，这是26年前那次手术中，因医务人员的疏忽留下的。该案中，危害行为和危害结果实际上在26年前就已发生了，只不过是在26年后才发现并查明。显然，该案已超过刑法规定的追诉时效，不能再追究当事医务人员的刑事责任。但受害人仍可以请求法院追究有关人员的民事责任，根据《民法通则》第136条第1款的规定：“身体受到伤害要求赔偿的诉讼时效为一年。”第137条又规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”本案中，患者在受害26年之后才知道损害自己身体健康的原因是医院的侵权行为，因此在此之后的一年内，他都可以提起民事赔偿诉讼，以主张自己的权利。
为了防止犯罪人钻时效制度的空子，并保障受害人的合法权利，刑法第88条还规定了两种时效延长制度。该条第1款规定：“在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。”第2款又规定：“被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予以立案的，不受追诉期限的限制。”这两款规定，对于解决医疗事故案件的“立案难”问题，有着积极意义。
对于发生在1997年10月1日新刑法生效之前的医疗事故犯罪案件，如果在新刑法生效之后，仍未超过追诉期限的，仍可进行追诉，不过，根据我国刑法第12条所确立的从旧兼从轻的刑法溯及力原则，应当适用新刑法进行处理。因为在新刑法颁行之前，对医疗事故犯罪大都按玩忽职守罪、重大责任事故罪或过失杀人罪处理，而新刑法专门规定的医疗事故罪，在法定刑方面远比上述犯罪为轻。
