非法行医罪与医疗事故罪都表现为违反相应的行政法规，并且都有可能造成病人死亡或严重损害其健康，但两罪有着本质的区别：
（1）非法行医罪的主体为未取得医生执业资格的人，而医疗事故罪的主体却必须是国家主管部门批准从事医生职业的医务工作人员；
（2）非法行医行为人主观方面表现为一种故意犯罪，而医疗事故行为人的主观方面则是表现为过失。
（3）犯罪客观方面表现不同，非法行医犯罪属于情节犯，根据法律规定，情节严重是构成本罪的条件，但不一定造成就诊人的身体伤害或者死亡，而医疗事故罪则属于实害犯，造成就诊病人死亡或者严重损害就诊人身体健康是构成医疗事故犯罪的必备要件。
非法行医罪与非法进行节育手术罪的区别，广泛意义上讲，非法行医罪的本身内涵就包括非法进行节育手术罪，刑法之所以在非法行医罪之外又设立非法进行节育手术罪，将破坏节育行为从非法行医行为中独立开来，是为了突出刑法对国家计划生育政策执行的特殊保护。
