一、启动的时间不同
医疗事故技术鉴定要先于医疗过错司法鉴定，意思就是只有经过了医疗事故技术鉴定不构成医疗事故的情况下才可以进行医疗过错司法鉴定。
二、委托的机构不同
医疗事故技术鉴定规定委托的是当地设区的市级医学会，再次鉴定只能委托所属省的省级医学会;必要的时候，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故技术鉴定工作。医疗事故的鉴定有严格的规定，但是医疗过错的司法鉴定是没有地域和层级的限制的。
三、鉴定的程序不同
医学会会根据医疗事故争议所涉及的学科来确定专家的构成和人数。专家鉴定组进行鉴定的时候，采取的是合议制，少数服从多数。而医疗过错司法鉴定是由机构来指定二位鉴定人员进行共同鉴定。司法鉴定遇到难以解决的问题的时候，可以向外界的专家进行咨询，但是最终的鉴定结果还是由鉴定人员出具。
四、证据形式不同
医疗事故鉴定书只是盖医疗事故鉴定机构的章，专家是不需要在上面签名的，所以发生争议的时候，专家成员难以出庭作证接受询问的。而医疗过错司法鉴定实行的是鉴定人负责制，就是谁负责鉴定的谁签名。鉴定人员经法院的通知或者当事人的申请，应当出庭作证。
