1、人力资源匮乏带来非法执业
在乡镇卫生院普遍存在编制不合理、留不住人、缺乏用人自主权等问题，从而导致人员不足（数量少）、人才匮乏（质量差）、专业结构不合理和人才浪费共存现象。这样势必存在大量非法执业，如没有医师执业资格证（或助理医师）从事临床诊疗及医技检查报告工作，没有护士执业证从事护理工作，没有药学专业技术职务任职资格从事调剂工作等等。
2、用人不当带来的风险
除过人力资源本身问题之外，一些院长喜欢用听话的人，喜欢用“能干”的人干自认为“要紧”的事，而不管这人学什么专业，不考虑职工个人职业发展，而把一些不合法的人用在了需要“执业资格准入”的岗位上，造成了人为的非法执业。
3、学习智障带来的风险
乡镇卫生院最需要的是“一专多能”的综合性人才，而我们现在的学校教育难以满足这种要求，这样，在乡镇卫生院工作的同志就更加需要学习能力。而实际情况是，同全社会一样，我们普遍存在学习智障。表现在只求埋头苦干，做好自己“分内事”，缺乏“责任”、“目标”与“竞合”意识；出了问题，往往倾向归罪于外界，缺乏“内省力”，“这事不赖我”；遇事缺乏整体思考的主动积极，怕动脑筋，缺乏“担当”；分析、解决问题只专注于“个别”、“部分”或事件本身，而不是从整体出发，全面考量，分析成功或失利的深层次原因，以及对整个过程产生什么样的影响；专注于经验，喜欢学习“老一辈”，他们怎么干我就怎么干，缺乏“反思”、“背叛”与“创新”；特别是作为个人，应该避免被“煮青蛙”，作为集体，应该避免没有学习氛围。
还有一种倾向是，一些管理者不主张、不鼓励甚至害怕大家“学习”，因为学习了，就可能在团体中形成互相追根究底的质疑求真，就会显示出“领导”的无知与无能。因此大多数单位只奖励擅于提出主张的人，而不奖励深入质疑复杂问题的人，结果任何对潜在威胁的探究都被堵死了。最后形成阿吉瑞斯称的“熟练的无能”——团体中充满了许多擅于避免真正学习的人。
4、设施简陋与建筑布局不合理
作为乡镇卫生院，其功能任务决定了其配置的医疗设备、设施必然不及上级医院，而且当前卫生院还存在着：
（1）该有的设备没有，如心电图、血粪尿三常规、透视机等；
（2）有设备而没有能够操作的人；
（3）建筑布局不合理、建设不规范，看起来是房子，而内行人无法想象出“它就是医院”，因为很多卫生院根本不像医院，有的门诊病房分置在公路两旁，有的门诊在后面，住院在前面，急诊在拐角背处，有的护士站在一楼，30张病床分布在一二三楼上，有的卫生院病房“开间”只有2.7米等等。
5、基药政策带来的风险
基药政策导致大量急救药供应不上，如“速尿”、“副肾素”等，一些应该有的药物被排除在基药目录之外，如治疗糖尿病、高血压的一些疗效肯定、服用方便的新药。
