《医疗事故处理条例》第三十五条所称的医疗事故的行政处理有两种含义：一是对发生医疗事故的医疗机构和医务人员进行行政处理；二是应当事人的申请，对医疗事故争议进行行政调解。
卫生行政部门是国家的职能机构，其任务是贯彻实施党和政府的卫生工作方针、政策，保障人民的健康。为此，各级卫生部门负责领导全国和地方卫生工作，编制发展规划、制定有关法规和督促检查卫生工作方针、政策的贯彻实施情况。根据我国宪法和各级政府组织法规定，国家卫生行政机构按行政区划分设立。中央设卫生部，省、自治区、直辖市设卫生厅（局），地区（市）、自治州设卫生局，县（市、直辖市）设卫生局（科）等。这些均属于各级人民政府下设的卫生行政机构。
本条规定：“卫生行政部门应当依照本条例和有关法律、行政法规、部门规章的规定，对发生医疗事故的医疗机构和医务人员作出行政处理。”第37条规定：“发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起１年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。 ”
卫生行政部门对医疗事故争议的行政处理，有行政调解的性质。卫生行政部门在坚持事实是根据、法律是准绳的基础上，通过说服教育双方当事人，促成协议的达成，使医疗事故赔偿纠纷得以解决，这就具有行政调解的性质。
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