1、根据违法情节的轻重，划分情节轻微、情节较重和情节严重三个档次分别裁量，分别处以3万、7万和10万元的罚款。目前较多地市采取这种方法。
2、依据违法行为是否造成危害他人健康后果及后果的严重程度进行裁量。具体为：对于未造成危害他人健康后果的，处3万元罚款;对于违法行为造成了他人健康损害，并不严重的，处6万元罚款;对于违法行未造成他人严重健康损害的，处10万元罚款。
3、依据违法行为的持续时间来加以裁量。如对于实施非医师行医三个月以下的，处2万元罚款;违法行为持续时间每增加一个月，增加1万元罚款，最高不超过10万元。
4、依据违法所得进行裁量。如通过对非法行医获得的违法所得进行认定后，结合执法实践，将违法所得进行划定不同的范围，依据违法所得由低至高给予不同金额的罚款处罚。即，违法所得5000元以下的，处2万元罚款，违法所得每增加5000元，罚款增加1万元，最高不超过10万元。
未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
1、造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的;
2、造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的;
3、使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的;
4、非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的;
5、其他情节严重的情形。
非法行医罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
1、客观方面不同。前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
2、主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
3、主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
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