在患者起诉医疗机构的医疗侵权案件中，医疗机构应能够证明医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及医疗过错，才不承担医疗。医疗机构所举证据的种类大致包括：
（一）尸检报告，属于证据学中鉴定结论的一种。
尸检对判明死因具有特殊意义，特别是对于那些因死因不明、因疑难疾病致死而发生的医疗纠纷就必须进行尸体解剖，尸检给医学技术鉴定和司法裁决提供直接的证据，达到了最终明确诊断、分清是非的目的。由于尸体的组织细胞会发生自溶和腐败，因此尸检必须在法定的时限内、由具备法定资格的人员实施才能得到可靠的、科学的结论，以充分发挥尸检结果在解决医疗纠纷案件中的证据作用。
《医疗事故处理条件》第十八条规定：“患者死亡，医患双方当事人不能确定死因或者对死因有异议的，应当在患者死亡后48小时内进行尸检；具备尸体冻存条件的，可以延长至7日。尸检应当经死者近亲属同意并签字。尸检应当由按照国家有关规定取得相应资格的机构和病理解剖专业技术人员进行。承担尸检任务的机构和病理解剖专业技术人员有进行尸检的义务。”
（二）医疗事故鉴定委员会的鉴定结论，医疗事故鉴定结论就诉讼而言，属专家证言，是具有证据效力的技术依据，是民事诉讼证据之一。
医疗机构可将“不构成医疗事故、医疗行为与损害结果之间不存在因果关系”的鉴定结论作为有利于自己的证据向法院提交。在2000年全国民事审判工作会议上，最高人民法院就医疗纠纷案件的赔偿问题，提出了指导性意见，规定了医疗事故鉴定结论只能作为法院审查、认定事实的证据，是否应作为医疗单位承担赔偿的依据，应当经过法庭质证。这样今后法院在审理医疗纠纷的案件时，不再将诉讼外的医疗事故鉴定结论作为认定是医疗事故的依据，而是作为医疗纠纷案件的证据之一，应当经过法院质证后，由合议庭作出决定。
（三）物证，证据学中的物证是指以其外部特征、存在物和物质属性来证明案件事实的实物。
医疗纠纷案件中的物证主要是指医疗工作中的治疗用具，比如注射针头、针管、输液管、输血袋、治疗使用的药品、医疗器械等。这些物证是医疗纠纷中广泛使用的一种证据，具有较强的客观性、稳定性。
在患者及其家属同医疗单位对医疗护理过程中发生的不良后果产生纠纷时，要对医疗现场实物进行收集、保留和查封，不得对这些实物再使用或毁坏。对于一些易发生腐坏的物质如血液制品，必须要采取有效的措施，妥善保管。将
（四）病案，是民事诉讼中的书证。
病案是指病人在门诊、急诊、留观室及住院期间全部医疗资料的总称，是关于病人和疾病的诊疗过程中第一手重要的原始记录，是具有法律效力的正式医疗文书。在发生医疗纠纷之后，病案是医疗行政部门和法院确认医疗单位诊疗措施是否正确，认证医疗过失的重要证据。
根据《医疗事故处理条例》的规定，医疗机构应当按照国务院卫生行政部门规定的要求，书写并妥善保管病历资料。因抢救急危患者，未能及时书写病历的，有关医务人员应当在抢救结束后6小时内据实补记，并加以注明。发生医疗事故争议时，死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录应当在医患双方在场的情况下封存和启封。
封存的病历资料可以是复印件，由医疗机构保管。在进行医疗事故鉴定时，医疗机构提交的有关医疗事故技术鉴定的病案材料应当包括下列内容：
1、住院患者的病程记录、死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、会诊意见、上级医师查房记录等病历资料原件；
2、住院患者的住院志、体温单、医嘱单、化验单（检验报告）、医学影像检查资料、特殊检查同意书、手术同意书、手术及麻醉记录单、病理资料、护理记录等病历资料原件；
3、抢救急危患者，在规定时间内补记的病历资料原件；
4、封存保留的输液、注射用物品和血液、药物等实物，或者依法具有检验资格的检验机构对这些物品、实物作出的检验报告；
5、与医疗事故技术鉴定有关的其他材料。在医疗纠纷案件中，即使不构成医疗事故，上述病案资料也是医疗机构应当向法院提供的证明医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及医疗过错的重要证据。
