新型农村合作医疗的参合办理主要有三种方式：
1、乡、村干部上门集中收缴方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到本村、组指定的地点办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
2、村集体经济代缴方式：鼓励村集体经济好的村，实行由村集体经济统一交纳参合资金。村负责人持新型农村合作医疗登记册、户口登记册到乡镇新农合经办机构填写、汇总《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
3、农民主动到乡镇新农合经办机构缴纳方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到乡镇新农合经办机构办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
1、保障对象。大病保险保障对象为城镇居民医保、新农合的参保(合)人。
2、保障范围。大病保险的保障范围要与城镇居民医保、新农合相衔接。城镇居民医保、新农合应按政策规定提供基本医疗保障。在此基础上，大病保险主要在参保(合)人患大病发生高额医疗费用的情况下，对城镇居民医保、新农合补偿后需个人负担的合规医疗费用给予保障。高额医疗费用，可以个人年度累计负担的合规医疗费用超过当地统计部门公布的上一年度城镇居民年人均可支配收入、农村居民年人均纯收入为判定标准，具体金额由地方政府确定。合规医疗费用，指实际发生的、合理的医疗费用(可规定不予支付的事项)，具体由地方政府确定。各地也可以从个人负担较重的疾病病种起步开展大病保险。
3、保障水平。以力争避免城乡居民发生家庭灾难性医疗支出为目标，合理确定大病保险补偿政策，实际支付比例不低于50%；按医疗费用高低分段制定支付比例，原则上医疗费用越高支付比例越高。随着筹资、管理和保障水平的不断提高，逐步提高大病报销比例，最大限度地减轻个人医疗费用负担。
做好基本医疗保险、大病保险与重特大疾病医疗救助的衔接，建立大病信息通报制度，及时掌握大病患者医保支付情况，强化政策联动，切实避免因病致贫、因病返贫问题。城乡医疗救助的定点医疗机构、用药和诊疗范围分别参照基本医疗保险、大病保险的有关政策规定执行。
在以上的这些背景下，从需求方面可以看到，由于新型合作医疗以大病统筹为主，小病仍然是用农民个人医疗帐户来支出。
1、就小病而言，当农民经常不生病时，觉得个人出资的那部分浪费掉了，于是会逐渐丧失参加合作医疗的动力。
2、从大病来说，由于农村内部也存在着较大的贫富差距，那些贫穷的家庭一旦得了大病，即使去医院就诊，能够报销一部分，但剩下的一部分他们依然无力偿付，所以这些贫困的家庭依然看不起病。当然对于那些富裕的家庭而言，这是给他们提供了实在的优惠。所以从大病的角度来看，不但新型合作医疗没有解决农村内部贫困家庭的医疗问题，反而使得他们与富裕农民家庭的差距变得越来越大，进一步加剧了农村的贫富差距。
3、农村呈现的状况是大部分的青年或中年的劳动力外出打工，农村呈现出大量的空心村。当这些农民工外出打工时，如果在外地生小病，他们只能在打工所在地看病，这样来说，他们参加新型农村合作医疗就没有得到实惠，这会降低他们的参与热情。当他们得了大病时，由于打工所在地路途遥远，甚至有些急性病时，他们去大型的医院就医，也无法享受到新型合作医疗的优惠。因为，新型合作医疗规定了，参加合作医疗的农民需要在定点的市县，乡镇的医院去就医报销。所以从农村大规模的农民工外出打工的角度来看，也出现了重大问题。
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