1、参保者出院之后将住院发票、费用清单、出院记录和身份证将交到本乡镇合管所；
2、乡镇合管所经过审核之后，会将符合条件的申请送到市农保业务管理中心；
3、报销医疗费用将会转入参保人指定账户中。
1、参加了新型农村合作医疗保险的患者可凭本人有效证件、医疗卡，经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时可直接刷卡报销。
2、在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
3、特殊病种门诊报销可持2级及2级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。
4、因意外伤害的住院患者，出院后需要提交有户口所在村(居)签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。一旦经过新农合调查、审核之后，一旦属实则予以报销。如果责任是由第三方负责的，是不予报销的。
参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。
新农合报销标准(以安徽省为例)：
门诊补偿：
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
中药发票附上处方每贴限额1元。
镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
住院补偿：
报销范围：
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。
B、60周岁以上老人在卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
大病补偿：
镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
新型农村合作医疗基金报销支付特殊病种有：恶性肿瘤化疗、放疗;重症尿毒症的血透和腹透;组织或器官移植后的抗排异反应治疗;精神分裂症伴精神衰退;系统性红斑狼疮(有心、肺、肾、肝及神经系统并发症之一者);再生障碍性贫血;心脏手术后抗凝治疗。其余可报销的特殊病种，以当地具体政策为准。
特殊病种的特定门诊治疗包括治疗期间必须的支持疗法和全身、局部反应对症处理，一般辅助治疗不列入报销范围。
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