投资额不同，合资企业协议、合同和章程报批的受理机关不同。根据2004年10月9日国家发改委22号令《外商投资项目核准暂行管理办法》第三条、第四条规定，对于按照《外商投资产业指导目录》不同分类、投资额不同的外商投资项目，其行政审批权限、程序、报送文件不同：
1、总投资(包括增资额，下同)1亿美元及以上的鼓励类、允许类项目和总投资5000万美元及以上的限制类项目，由国家发展改革委核准项目申请报告；其中总投资5亿美元及以上的鼓励类、允许类项目和总投资1亿美元及以上的限制类项目由国家发展改革委对项目申请报告审核后报国务院核准。
2、总投资1亿美元以下的鼓励类、允许类项目和总投资5000万美元以下的限制类项目由地方发展改革部门核准；其中限制类项目由省级发展改革部门核准，此类项目的核准权不得下放。地方政府按照有关法规对上款所列项目的核准另有规定的，从其规定。
在合营企业合同中，由于外方不了解中国国内法律和行政程序，往往在合资协议、合同公司章程中约定，由合资中方承担公司设立文件的行政报批工作，如果在限定时间内中方没有完成相应行政报批程序视为中方违约，要求中方承担违约责任。合资中方出于迫切需要引进资金的目的，一般对于这样的规定都不提出异议。其实，恰恰是这样的约定很容易产生合资企业设立的失败。因为，合资企业的行政报批不是简单的行政流程，在很多环节都需要合资中外方的密切配合。如果外方不够配合，报批程序就可能无法进行。所以，如果约定由合资中方来承担报批责任，同时也应该规定合资外方在提交材料方面的责任和其他的配合义务。
