(一)直接再投资的确认
外商投资企业者的再投资优惠分两种情况，一是外国投资者将其从外商投资企业取得的利润直接再投资于该企业，增加注册资本;二是将该利润作为资本开办其他外商投资企业。直接再投资要求外国投资者的第一种再投资发生在从该企业提取利润之前，第二种则为提取后直接创办其他外商投资企业。该外国投资者应当自其再投资资金实际投入之日起一年内，持载明其投资金额、投资期限的增资或者出资证明，向原纳税地税务机关申请退税。在外国投资者按税法规定申请退税时，外国投资者还应当提供能够确认其用于再投资利润所属年度的证明;不能提供证明的，由当地税务机关采用合理的方法予以推算确定。
在检查再投资退税时，要注意其投资资金的来源及投向是否符合相关规定，并合理确定其用于再投资的利润的所属年度，以查明有无不符合规定多退或少退税款的情况。对于全额退税的情况，要求外国投资者是在中国境内直接再投资举办、扩建出口产品企业或者先进技术企业，此时，外国投资者还应提供审核确认部门出具的确认创办、扩建的企业为产品出口企业或者先进技术企业的证明。
(二)全额退税后再补缴的稽查
税法规定，外商投资者直接投资创办、扩建的企业，自开始生产、经营之日起3年内没有达到产品标准和没有被继续确认为先进技术企业的，应当缴回已退税款的60%。对全部退税后再补缴的稽查应从以下几点着手：
1.核对外商投资者提供的有关证明的有效性、合法性，确认是否属原应全额退税，现在再补缴税款的情况。
2.检查退税计算是否正确，是否已足额补税。再投资退税额应以分配税后利润的企业所实际适用的税率，把分配利润还原为税前利润所得进行计算。计算公式为：
再投资应退税额=再投资额÷1-(实际适用的企业所得税税率+地方所得税税率)×实际适用的企业所得税税率×退税率
注意，若当初已免征地方所得税，则上式中地方所得税税率为零，也就是说应依企业的实际纳税情况来确定。
(三)税法规定，再投资的经营期不得少于5年。再投资不满5年撤出的，应当缴回已退的税款。该补税的审核与全额退税补税的稽查基本相同，不再详述。
【案例】某生产性中外合资企业于1991年设立并开始生产经营，经营期为20年，外方与中方的利润分成比例为2：3。1991年该企业获利500万元，外商投资者将分得的利润再投资于本厂，增加注册资本。1993年该企业获利2800万元，外商以分得的利润再加上自己的投资1000万元又办一出口企业，该企业当年开始经营，经营期为10年，但举办的企业于1995年被国家有关部门认定并未达到出口企业标准。现确定1991年、1993年、1995年三个年度对外商按照再投资退税应进行的税务处理(地方所得税无减负规定，税率3%)。[page]
根据税法规定，对本案例分析如下：
(1)对于外方投资者将从中外合资企业取得的利润直接再投资于该企业，增加注册资金，或投资开办其他外商投资企业，经营期不少于5年的，经申请并在税务机关已批准的情况下，可退还再投资资金已缴纳所得税款的40%。
(2)若外国投资者在中国境内直接再投资，创办产品出口，先进技术企业或将从海南经济特区企业获得的利润再投资于该经济特区的基建项目和农业开发企业，经营期不少于5年的，经申请并得到税务机关批准，可退还再投资部分已缴纳的全部企业所得税。
(3)对外商的退税款应使用原来获得利润前所实际执行的税率。该企业1991年实际执行税率为0%，无税款可退，1993年实际执行税率为15%，应予以退税。
(4)税款的退还仅限于从外商投资企业取得的已交纳过所得税利润的再投资额，不包括其他渠道的投资资金来源。因此本案例中1993年外商另外加的1000万元资金无税款可退。
(5)若再投资新办或扩建的出口或先进技术企业在开始经营生产3年内或再投资后3年内，未达到出口企业标准或经考核不合格被撤销先进技术企业称号的，应缴回已退税款的60%。在该案例中外商新举办的企业在1995年被发现未达到出口企业标准。且此时新办企业开业仅2年左右，因此投资者须退回60%的退税款。
(6)以上规定仅指企业所得税，对地方所得税的征、退问题由地方政府规定、执行。
则本题应计算如下：
1991年，外商再投资的利润退税款为零。
1993年退税额=2800×[2÷(3+2)]÷[1-(15%+3%)]×15%×100%=204.88(万元)
1995年外商应向税务机关缴回退税额=204.88×60%=122.93(万元)
