我国加入WTO后，已按照WTO规则调整了有关政策，对外资企业实行国民待遇。但同时，我国对外资企业的各种超国民待遇仍在继续执行。
目前，我国对外资企业实行多项减免税政策，其中最主要的有两项：一是所得税。外资企业名义税率是15%，实际为11%;而内资企业名义税率为33%，实际税率为22%，国有大中型企业为30%。内资企业实际税负要比外资企业高一倍或以上。
二是对外资企业在投资内进口的设备实行全免关税和增值税。现在内外资企业所得税统一问题已引起政府有关部门和社会各界重视，有望在适当时机获得解决，但外资企业进口设备免税问题尚未引起重视。这一优惠政策直接关系国内机电设备制造业的发展，继续实行会产生三大负面影响：
首先，外资企业进口设备免税，而内资企业要交税，存在不平等竞争，影响内资企业发展。
外资企业在投资内进口的设备实行全免关税和进口环节增值税(简称增值税)，必然使外资企业进口成本大大降低而提高了竞争力，同时也使国产机电设备与进口设备在竞争中处于不利地位。例如，与外资企业进口的一些加工中心、数控机床等设备相比，国内企业生产的产品在性能、质量方面并不差。只是由于进口产品既免交关税又免交增值税，而国内产品出厂要交增值税，就形成两者之间的不平等竞争。外资企业在投资内进口整机和零部件都可以免交关税和增值税，而我国内资企业研制开发高新技术产品需要进口的关键零部件却要交纳进口关税和增值税，使企业新产品开发处于不利地位。
第二，外资企业免交大量税款，严重影响我国财政收入。
进口关税和进口环节增值税是我国财政收入的重要来源之一，对外资企业两税的减免已严重影响我国财政收入。据海关统计，全国外商投资企业在投资内进口设备，2003年为209.7亿美元，2004年为312.02亿美元，2005年为267.7亿美元。按机电设备当年进口平均关税加增值税计算(不包括部分设备应交的消费税)，2003年免税金额约为500亿元，2004年约为750亿元，2005年约为604亿元。
第三，外资企业享受补贴，其出口产品易被进口方采取反补贴措施。
按照世贸组织《补贴与反补贴协议》的规定，本应征收的政府税收的减免属于补贴，政府对部分企业的补贴属于专向性补贴。这种补贴带有歧视性，不符合世贸组织的公平贸易原则。如果受到补贴的企业出口的产品，世贸组织成员可向世贸组织提出起诉，或根据国内法可以采取反补贴措施，加征反补贴税。
我国外资企业产品出口量很大，2003年为2403.3亿美元，占全国出口总额的54.8%;2004年为3386.07亿美元，占全国出口总额的57.06%;2005年为4442.09亿美元，占全国出口总额的58.29%。这些企业享受我国政府对其进口设备的大量补贴，其出口产品如果使进口国相关产业受到损害时，很有可能引起反补贴调查，从而影响出口。例如，加拿大政府对我国出口的户外烧烤架和钢制紧固件进行了反补贴调查，认为我国政府有多项补贴，包括外资企业免税补贴，初裁要加征16%的反补贴税。[page]
改革开放以来，我国对利用外资实行了多项优惠政策，促进了国际经济技术合作和我国经济结构的调整，对我国经济发展发挥了重要作用，但也产生了以上所列的众多负面影响。如果这种不公平竞争再继续下去，必将制约内资企业的发展，对国家经济安全也有不利的影响，现在应是到了该调整或取消这项优惠政策的时候了。
关于调整利用外资政策的方向，建议对需要重点发展的产业给予优惠的政策，无论是外资还是内资。如对投资国家急需发展的高新技术产业、重大技术装备和国家鼓励发展的产业，以及投资落后贫困地区的企业，给予优惠政策，实行内外资企业同等待遇。
